在Unix中使用参数执行R脚本

Question

在Unix脚本中，是否有任何方法可以运行R文件，但在Unix脚本中有参数？

我知道，在系统运行R上的文件，你需要输入“R -f‘文件’，但你R中需要这样你将需要在Unix，而不是输入这个代码是什么：

“R -f ”文件“ ARG1 ARG2”

Answer 1

下面是一个例子，test.R将该代码：。

#!/usr/bin/env Rscript 
# make this script executable by doing 'chmod +x test.R' 
help = cat(
" 
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
Help text here 
Arguments in this order: 
    1) firstarg 
    2) secondarg 
    3) thirdarg 
    4) fourtharg 
./test.R firstarg secondarg thirdarg fourtharg 
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
\n\n") 

# Read options from command line 
args = commandArgs(trailingOnly = TRUE) 
if(is.element("--help", args) | is.element("-h", args) | is.element("-help", args) | is.element("--h", args)){ 
    cat(help,sep="\n") 
    stop("\nHelp requested.") 
} 

print(args) 

做chmod +x test.R 它使用./test.R a b c d然后调用它会打印：[1] "a" "b" "c" "d"。

您可以通过执行args[1]访问每个参数以获得a和args[4]以获得d。

Answer 2

使用Rscript的建议似乎很有用，但可能不是要求提供的内容。也可以从命令行使用获取来源的输入文件启动R. R解释器也可以在该模式下访问commandArgs。这是在我的用户目录下的最小“ptest.R”的文件，这也是我的默认工作目录：

ca <- commandArgs() 
print(ca) 

从UNIX命令行我可以这样做：

$ r -f ~/ptest.r --args "test of args" 

和R打开，显示通常的启动消息并宣布由.Rprofile加载的包然后：

> ca <- commandArgs() 
> print(ca) 
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/exec/R" 
[2] "-f"             
[3] "/Users/davidwinsemius/ptest.r"      
[4] "--args"            
[5] "test of args"           
> 
> 

然后退出。