重复一个用户定义的使用复制（）sapply）

我已经定义的自定义功能，这样的功能或（：重复一个用户定义的使用复制（）sapply）

my.fun = function() { 

     for (i in 1:1000) { 
     ... 
     for (j in 1:20) { 
      ... 
     } 
     } 

return(output) 

}

它返回一个输出矩阵，output，通过1000行和20列组成。

我需要做的就是重复功能，比如5倍，并存储五个output结果到一个全新的矩阵，说final，但不使用其他for循环（此为使代码更清晰，也因为在第二时刻，我想尝试并行化这些额外的5次重复）。

因此final应该是一个具有5000行和20列的矩阵（这5次重复的原理是在我使用的两个for循环中，其他函数sample）。

我试图使用final <- replicate(5, my.fun())，它正确地计算了五个重复，但是我必须“手动”将元素放入一个全新的5000 x 20矩阵中。是否有更加优雅的方法可以这样做？（可能使用sapply()？）。非常感谢

来源

2013-01-23 Stezzo

正如你所看到的，你可能有一个三维数组。如果你想有一个列表，你可以添加一个简化= FALSE。试试这个：

do.call(rbind, replicate(5, my.fun(), simplify=FALSE))

或者你也可以在“最后”仍是一个数组的情况下使用aperm：

fun <- function() matrix(1:10, 2,5) 
final <- replicate(2, fun()) 
> final 
, , 1 

    [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] 
[1,] 1 3 5 7 9 
[2,] 2 4 6 8 10 

, , 2 

    [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] 
[1,] 1 3 5 7 9 
[2,] 2 4 6 8 10 

> t(matrix(aperm(final, c(2,1,3)), 5,4)) 
    [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] 
[1,] 1 3 5 7 9 
[2,] 2 4 6 8 10 
[3,] 1 3 5 7 9 
[4,] 2 4 6 8 10

有可能是更经济的矩阵运算。我还没有发现。

来源

2013-01-23 22:09:09

非常感谢您的帮助。顺便说一下，关于三维阵列，你是对的:) – Stezzo

如果你rlply从plyr包取代replicate，您可以使用do.call与rbind：

library(plyr) 
do.call(rbind, rlply(5, my.fun()))

如果你不想靠plyr包，你总是可以做：

do.call(rbind, lapply(1:5, function(i) my.fun()))

来源

2013-01-23 22:03:38

取决于您使用哪个软件包进行并行计算，但这里是我如何做的（使用sapply，就像replicate一样，将其隐藏起来）。

library(snowfall) 
sfInit(parallel = TRUE, cpus = 4, type = "SOCK") 
# sfExport() #export appropriate objects that will be needed inside a function, if applicable 
# sfLibrary() #call to any special library 
out <- sfSapply(1:5, fun = my.fun, simplify = FALSE) 
sfStop()

来源

2013-01-23 22:52:04

非常感谢，这是非常有趣的，顺便说一下，我打算使用'降雪'。 – Stezzo

试试这个：

final <- replicate(5, my.fun(), simplify = "matrix")

你会得到 '最终' 结果在矩阵的形式。

来源

2015-05-10 05:42:49

重复一个用户定义的使用复制（）sapply）

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