将树形图添加到ggplot2热图

Question

此处新建R用户。 我正在尝试向使用ggplot2创建的这个热图添加一个树形图。我怎样才能做到这一点？我已将我的代码添加到下面的热图中。

#Mtcars using ggplots and reshape2 
install.packages("ggplot2") 
library(ggplot2) 
intall.packages("reshape2") 
library(reshape2) 
data(mtcars) 
Cars <- mtcars[c(1:7)] #subset to 6 genres 

cor(Cars) # 6x6 cor matrix 

#ggplot likes the data 'melted' one value per row 
m <-melt(cor(Cars)) 
p <- ggplot(data=m, aes(x=Var1, y=Var2, fill=value)) + geom_tile() 
p 

#set up a coloring scheme using colorRampPalette 
red=rgb(1,0,0); green=rgb(0,1,0); blue=rgb(0,0,1); black=rgb(0,0,0) 
RtoBrange<-colorRampPalette(c(red, black)) 
BtoGrange<-colorRampPalette(c(black, green)) 

p <- p + scale_fill_gradient2(low=RtoBrange(100), mid="black",   high=BtoGrange(100)) 
p 

感谢您的帮助，

夏洛特

Answer 1

使用heatmap.2功能在gplots包（https://cran.r-project.org/web/packages/gplots/gplots.pdf），它会自动添加一个树形图的热图。使用你的例子：

install.packages("gplots") 
library(gplots) 

data(mtcars) 
Cars <- mtcars[c(1:7)] 

mycolors <- colorRampPalette(c("red", "black", "green")) 
heatmap.2(cor(Cars), trace = "none", col = mycolors) 

Answer 2

这是一个有点棘手，因为不是所有的作品都完全准备好，但它是我在heatmaply开始走到这一步工作的目的。如果您对此感兴趣，以便积极地使用树状图创建交互式热点图，则应该查看heatmaply vignette。

如果您对静态热图感兴趣，我相信现有的软件包已经做得很好，因此重新开发这个软件可能不值得。 但是，如果这仍然是你想做的事，这里是它的主要步骤：

1. 产生树状对象
2. 情节GGPLOT2
3. 树状对象创建的方式，将热图从树形尊重行（或列的顺序
4. 合并的对象。

步骤1可以使用hclust和as.dendrogram，步骤2需要吨他来自dendextend的[as.ggdend][2]函数。第3步可以使用heatmaply :: heatmapr + heatmaply ::: ggplot_heatmap（目前隐藏，但将来会公开这种类型的东西）。第4步是棘手的​​，我目前无法“足够好”地工作，因为这些元素的比例并不好。

我将其封装到一个新的ggheatmap函数中，并将其上传到heatmaply on github。但是这需要更多的工作，所以我愿意提出要求。在此期间，这里是如何做到这一点：

devtools::install_github("ropensci/plotly") # you will probably benefit from the latest version of plotly 
devtools::install_github('talgalili/heatmaply') 

library(heatmaply) 
x <- heatmapr(iris[,-5], scale = "column", colors = "Blues") 
ggheatmap(x) 

输出看起来是这样的：

由于我使用GGally::ggmatrix我似乎无法控制每个的比例目的。有可能是更多的在其他方面做的（就像对付标签的布局，添加的侧面颜色图例 - 等）

Answer 3

或者尝试heatmap3功能：

library(heatmap3) 
Cars <- mtcars[c(1:7)] 
heatmap3(cor(Cars), scale = "none", sym = T)