在通过bsub提交时包含bash脚本参数

Question

我有以下shell脚本。

#!/bin/bash --login 

#BSUB -q q_ab_mpc_work 
#BSUB -J psipred 
#BSUB -W 01:00 
#BSUB -n 64 
#BSUB -o psipred.out 
#BSUB -e psipred.err 
module load compiler/gnu-4.8.0 
module load R/3.0.1 
export OMP_NUM_THREADS=4 

code=${HOME}/Phd/script_dev/rfpipeline.sh 
MYPATH=$HOME/Phd/script_dev/ 
cd ${MYPATH} 
${code} myfile.txt 

中，我可以使用BSUB提交程序集群：

bsub < myprogram.sh 

但是我改变的最后一行在我的程序：

${code} $1 

，我使用命令行参数指定文件，我怎样才能把这个传递给bsub？

我曾尝试：

bsub < myprogram.sh myfile.text 

然而BSUB不会接受myfile.text作为一个bash参数。

我也曾尝试

bsub <<< myprogram.sh myfile.text 
./myprogram.sh myfile.text | bsub 
bsub "sh ./myprogram.sh myfile.text" 

什么，我需要做什么？

Answer 1

我可以回答我自己的问题吗？

看来我可以使用sed来即时修改文件。我原来的文件现在是：

#!/bin/bash --login 

#BSUB -q q_ab_mpc_work 
#BSUB -J psipred 
#BSUB -W 01:00 
#BSUB -n 64 
#BSUB -o psipred.out 
#BSUB -e psipred.err 
module load compiler/gnu-4.8.0 
module load R/3.0.1 
export OMP_NUM_THREADS=4 

code=${HOME}/Phd/script_dev/rfpipeline.sh 
MYPATH=$HOME/Phd/script_dev/ 
cd ${MYPATH} 
${code} myfile 

，我写了一个bash脚本，sender.sh双方修改变量myfile用命令行参数，并发送修改后的文件关闭以BSUB：

#!/bin/bash 
sed "s/myfile/$1/g" < myprogram.sh | bsub 

是小心使用双引号，这样bash不会从字面上读出$。然后，我只需运行./sender.sh jobfile.txt即可运行！

希望这可以帮助任何人。

Answer 2

这个答案应该解决您的问题：

https://unix.stackexchange.com/questions/144518/pass-argument-to-script-then-redirect-script-as-input-to-bsub

只是通过带参数的脚本在BSUB命令结束。

Ex。 example.sh

#!/bin/bash export input=${1} echo "arg input: ${input}"

BSUB命令：

bsub [bsub args] "path/to/example.sh arg1"