指示条形图中的统计显着性差异使用R

Question

这是最初在这里提出的一个问题的重复：Indicating the statistically significant difference in bar graph但要求R代替python。

我的问题很简单。如果可能的话，我想在R中产生条形图，并指示不同条形之间的显着差异，例如，如果可能，使用ggplot2。产生这样的东西。我搜索了一下，但是找不到另一个问题完全一样的问题。

Answer 1

您可以使用geom_path()和annotate()得到类似的结果。对于这个例子，你必须自己决定合适的位置。在geom_path()提供了四个数字来获得连接线的小滴答。

df<-data.frame(group=c("A","B","C","D"),numb=c(12,24,36,48)) 
g<-ggplot(df,aes(group,numb))+geom_bar(stat="identity") 
g+geom_path(x=c(1,1,2,2),y=c(25,26,26,25))+ 
    geom_path(x=c(2,2,3,3),y=c(37,38,38,37))+ 
    geom_path(x=c(3,3,4,4),y=c(49,50,50,49))+ 
    annotate("text",x=1.5,y=27,label="p=0.012")+ 
    annotate("text",x=2.5,y=39,label="p<0.0001")+ 
    annotate("text",x=3.5,y=51,label="p<0.0001") 

Answer 2

我从上面使用所提出的方法，但我发现用于制备比geom_path函数行注释功能更容易。只需使用“段”而不是“文本”。你必须按细分市场细分，并为每条线段定义开始和结束的x和y值。

例如制作3行段：

annotate("segment", x=c(1,1,2),xend=c(1,2,2), y= c(125,130,130), yend=c(130,130,125)) 

Answer 3

我知道这是一个老问题，并通过Didzis Elferts答案已经为这个问题的解决方案。但我最近建立了一个ggplot扩展，简化了添加的意义棒的全过程：ggsignif

代替繁琐加入geom_path和annotate你的阴谋，你只需要添加一个单层geom_signif：

library(ggplot2) 
library(ggsignif) 

ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) + 
    geom_boxplot() + 
    geom_signif(comparisons = list(c("versicolor", "virginica")), 
       map_signif_level=TRUE) 

该软件包的完整文档可在CRAN获取。