遍历bash命令

Question

我需要使用linux bash命令处理我的数据（大约400多个文件）。我试图找到一种方法来迭代相同的命令到我的所有文件。

这是我的bash命令

cat file1.vcf | java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " (QUAL >= 30)" > file1_filtered.vcf 

我试图这样做，但没有成功

for f in *.vcf; do echo cat *.vcf | java -jar snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " (QUAL >= 30)" > filtered.vcf; done 

这是基于我得到

Error: Unable to access jarfile snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ 
Error: Unable to access jarfile snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ 
Error: Unable to access jarfile snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ 

Answer 1

错误的问题，我会假设你的这个命令有效：

cat file1.vcf | java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " (QUAL >= 30)" > file1_filtered.vcf 

如果是这样的话，那么我们可以分析与所述第二命令的区别：

for f in *.vcf; do echo cat *.vcf | java -jar snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " (QUAL >= 30)" > filtered.vcf; done 

1. 第一命令提供的文件的内容作为输入提供给Java脚本。第二个命令提供字符串cat，后跟.vcf文件的名称作为java脚本的输入。

2. java脚本位于不同的位置。

要解决这两个问题，尝试：

for f in *.vcf 
do 
    java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " (QUAL >= 30)" <"$f" > filtered.vcf 
done 

在哪里我也去掉无用的使用猫。

最后，每当文件被处理时，上述内容将覆盖filtered.vcf。如果你想要一个文件包含所有结果，那么请尝试：

for f in *.vcf 
do 
    java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " (QUAL >= 30)" <"$f" 
done > filtered.vcf 

Answer 2

你的Java程序似乎是逐行读取输入。所以，如果你有没有兴趣在具有每输入文件一个文件的输出，你完全可以跳过for循环：

cat *.vcf | java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " (QUAL >= 30)" > files_filtered.vcf 

这有cat实际上串联文件，一旦额外的好处。