将一个字符串分解成相等长度块在Perl

比方说，我有在3将一个字符串分解成相等长度块在Perl

my $seq = "CTTCGAATT"; # in this case length of 9

多长的字符串，是有办法，我可以把它拆分成3个长度相等？这样到底我有此数组：

$VAR = ["CTT", "CGA", "ATT"];

来源

2011-11-25 neversaint

Crossposted到Perlmonks。在那里，提供了三种解决方案，基准测试表明解压方法是一个不错的选择。 http://www.perlmonks.org/?node_id=939987 – DavidO

看看该解决方案在How can I split a string into chunks of two characters each in Perl?

尤其是unpack可能是有趣：

my @codons = unpack("(A3)*", $seq);

来源

2011-11-25 09:09:16 spuelrich

+1。好的发现... –

遍历三的倍数，使用substr拿到件push到一个列表。

来源

2011-11-25 06:58:47

谢谢。在实践中，我有大约1000万这样的字符串被打破。 Substr可能太慢？ – neversaint

试一试。如果速度很慢，请逐字读一遍文件，直到您填入一个缓冲区，并将其缓存到列表中。重复，直到EOF。 –

my $str = join '', map { ('A','T','C','G')[ rand 4 ] } 0 .. 900 ; # Random string 

my @codons = $str =~ /[ACTG]{3}/g; # Process in chunks of three 
            # '/g' flag necessary 

print 'Size of @codons array : ', 
     scalar @codons;    # '300'

来源

2011-11-25 07:55:59 Zaid

将一个字符串分解成相等长度块在Perl

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