做这些数量范围相互重叠

Question

我已经使用了两个不同的目标预测程序预测基因上的结合位点，并使用R键处理，我得到

的问题是，该方案给予不同数量的结果每个基因的靶标和位置略有不同。我试图做的是看看这些网站是否相同，或者至少，如果我有开始位置和停止位置，这些范围是否在程序之间重叠。

说我有两个程序X和Y;

X预测两个站点，x1是两个站点的起始位置，x2是停止位置。同样y的

x1<-c(1521,1259) 
x2<-c(1544,1282) 

y1<-c(1825,1522,1259,362) 
y2<-c(1848,1543,1282,384) 

所以无论是X点的重叠在Y.和输出表中的那些位置的网站：

| x1  | x2  | y1  | y2  | 

| 1521 | 1544 | 1522 | 1543 | 
| 1259 | 1282 | y1259 | 1282 | 

我最初的想法，就是如果我只有一个每个程序的网站，然后做以下将告诉我，如果他们重叠或不。 （Y停止posiiton，应该比起始位置X大和停止x的位置是大于Y）

x1 <= y2 && y1 <= x2 

我不知道我怎么能为我的问题做相同的，至少，不是没有写很多循环和ifs。

Answer 1

的IRanges包（和GenomicRanges基因组数据，当染色体和可能链是很重要的）允许您定义范围

library(IRanges) 
x <- IRanges(x1, x2) 
y <- IRanges(y1, y2) 

，并询问他们的问题

y %over% x  # any type of overlap 
y %within% x # strictly within 

看到?findOverlaps更多详细信息，封装插图（来自上面的着陆页），这些出版物a，b作为一般介绍，而Bioconductor support site如果远程基础设施似乎很有用