哈希表初始化

Question

我有我编辑有点特等文件，但是当我尝试运行它，我得到这个错误

Use of uninitialized value within %dca in concatenation (.) or string at ./createWindow.pl line 65. 
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at ./createWindow.pl line 64. 
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at ./createWindow.pl line 64. 
Use of uninitialized value within %dca in concatenation (.) or string at ./createWindow.pl line 65. 

守则以下是

#!/usr/bin/perl -w 

use strict; 

my $window=$ARGV[0]; 
my $windowCentral=$ARGV[1]; 

my $sep=$ARGV[2]; 

my @pairs=`cat $ARGV[3]`; 
chomp @pairs; 

my @pssm=`cat $ARGV[4]`; 
chomp @pssm; 

my @predSS=`cat $ARGV[5] | cut -d, -f1`; 
chomp @predSS; 

my @predSA=`cat $ARGV[6]`; 
chomp @predSA; 

my @predRCH=`cat $ARGV[7]`; 
chomp @predRCH; 

my @predCN=`cat $ARGV[8]`; 
chomp @predCN; 

my @seq=`cat $ARGV[9]`; 
chomp @seq; 

my @prop=`cat ../propensity.txt | cut -d\\ -f1,3`; 
chomp @prop; 
my %prop; 
foreach(@prop) { 
     my @v=split(/ /); 
     $prop{$v[0]}=$v[1]; 
} 
my @dca=`cat $ARGV[10]`; 
chomp @dca; 
my %dca; 
foreach(@dca) { 
     my @v=split(/ /); 
     $dca{"$v[0],$v[1]"}="$v[2],$v[3]"; 
} 

my $count=0; 
foreach my $pair (@pairs) { 
    my @values=split(/,/,$pair); 
    next if($values[2]<$sep); 
    $count++; 
    my $r1=$values[0]-1; 
    my $r2=$values[1]-1; 
    my $central=($r2-$r1)/2; 

    #separation between contactd 
     print "$values[2],"; 
    #propensity 
     my $AApair=$seq[$r1].$seq[$r2]; 
     print "$prop{$AApair},"; 
     #sequence length 
     my $num=@seq; 
     print "$num,"; 
    #dca 
     my $posPair="$values[0],$values[1]"; 
     print "$dca{$posPair},"; 


    #PredSS of windows around contact residues 
    &dumpWindow($r1,$window,@predSS); 
    &dumpWindow($r2,$window,@predSS); 

休息的代码工作正常，但我无法找出索引dca哈希表。 您需要文件的所有四列，而不仅仅是第一，第三和第四列，因此 不会执行剪切。

my @dca=`cat $ARGV[10]`; 


> chomp @dca; 
> my %dca; 
> foreach(@dca) { 
>   my @v=split(/ /); 
>   $dca{$v[0]}=$v[1]; 
> } 

的关键哈希表必须是2个残留 指标的串联，和值第3和第4列连接：

$dca{"$v[0],$v[1]"}="$v[2],$v[3]"; 
> 
>   my $AApair=$seq[$r1].$seq[$r2]; 
>   print "$dca{$AApair},"; 
> 

索引哈希表你需要r1和r2，而不是那些 职位中的氨基酸。

my $posPair="$values[0],$values[1]"; 
print "$dca{$posPair},"; 

以错误的方式索引dca哈希表。看看你是如何从.contact文件中填入上面几行代码的。 现在卡在这个年龄.....

Answer 1

1）你正在定义我的@dca和我的％dca。它更好地避免重复相同的名称...

2）print“$ dca {$ posPair}，”;更改为打印“$ dca - > {$ posPair}”;

我会将你的散列变量定义为引用散列而不是散列本身。在此之后，您可以尝试指向您的钥匙。我会更新你的代码中的几行。请看看这个例子：

my $dca = {}; 
#then populating dca keys: 
$dca->{"$v[0],$v[1]"}="$v[2],$v[3]"; #please note , char which is missing in later usage. 

#and how to get your values: 
my $posPair=$values[$r1].','.$values[$r2]; #I added missing coma here. 
print "$dca ->{$posPair},"; 

Answer 2

你都填充有像钥匙哈希："$v[0],$v[1]"和你的钥匙像$values[$r1].$values[$r2]

更改的行读它

$dca{"$v[0],$v[1]"}="$v[2],$v[3]"; 

到

$dca{"$v[0]$v[1]"}="$v[2],$v[3]"; 

Answer 3

错误消息非常明确：您正在尝试共享为未定义的哈希键值创建一个值，然后尝试打印它。

首先，我认为你有use strict;和use warngings;？

你需要做的是在连接和打印之前测试你的代码。这可能是一个错误，也许你可能想打印出一个调试语句来帮助你找到问题。

if (not defined $value[$r1] or not defined $values[$r2]) { 
    print "DEBUG: Whoops! I have a problem...\n"; 
    no warnings qw(uninitialized); #DEBUG: 
    say qq(DEBUG: \$posPair = \$value[$r1] . \$values[$r2]); 
    say qq(DEBUG: \$posPair = $value[$r1] . $values[$r2]); 
    use warnings qw(uninitialized); 
else { 
    my $posPair = $values[$r1] . $values[$r2]; 
    print "$dca{$posPair},"; 
} 

no warnings qw(uninitialized)将关闭您收到的警告。这只是暂时完成，所以我可以看到我的调试语句。 use warnings qw(initialized)重新打开这些警告（这是你想要的）。

这会给你一个线索发生了什么事情。$r1和$r2在这一点上的价值是多少？都是未定义的，还是只是一个而不是另一个？

代码中存在逻辑缺陷，打印出调试语句是快速找到问题的好方法。 Perl确实有一个调试器，但我发现在这里添加了一些语句，并且可以比使用调试器更快地发现问题。

如果采取这种方法，你需要加入这行与其他use声明：

use feature qw(say); 

这会给你使用say命令。这就像打印语句，但它最后会自动做一个新行。它使添加调试语句更容易。您只需复制所需的行，并在整个行中添加say qq(DEBUG: ...);。然后，您可以在您可能不想插入的变量名称前加反斜杠。

最后一步是使用Data::Dumper来混合。您可以用这种方式打印出您的整个数据结构，这也可以帮助您发现逻辑缺陷。