R：系统（）不能使用.bashrc中定义的bash函数

Question

问题

我的默认的Python 2.7，但我有需要Python 3.4的脚本。我想R中创建一个函数，将：

1. 切换到Python 3.4
2. 运行此脚本
3. 切换回Python 2.7版
4. 导入结果为R

要在Python版本之间切换，我使用我的群集的“dotkit”系统，如下所示：

use Python-2.7 
use Python-3.4 

“use”是一个在我的.bashrc文件中导入的bash函数。它设置了我所有的路径变量（PATH，LIBRARY_PATH，LD_LIBRARY_PATH，CPATH，C_INCLUDE_PATH等）。问题是，当我尝试调用R中这个功能，我得到以下错误：

system('use Python-3.4') 
sh: use: command not found 

看起来这是我路上的问题。我正在使用正确的外壳：

system('echo $SHELL') 
/bin/bash 

我的$ PATH变量也看起来不错。然而，当我创建一个脚本，基本上做同样的事情：

load_py34.sh：

#!/bin/bash 
source ~/.bashrc 
use Python-3.4 

和过R调用这个脚本，那么它实际运行，但由于某些原因，它不在R改变我的Python版本（我已经验证了这个脚本的命令行工作。）

> R 
> system('python --version') 
Python 2.7.1 
> system('sh load_py34.sh') 
Prepending: R-3.4 (ok) 
> system('python --version') 
Python 2.7.1 

所以我有点困惑，但如果有人能帮助，我将不胜感激。

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建议的修复

当我将它们合并成一个单一的命令，我仍然有同样的问题：

> system("sh load_py34.sh; python --version") 
Prepending: Python-3.4 (already loaded) 
Python 2.7.1 

当我尝试直接调用bash中，我仍然有一个问题与路径：

> system("bash -c 'use Python-3.4; python --version'") 
bash: use: command not found 
Python 2.7.1 

Answer 1

当您拨打system()它使用/bin/sh，而不是/bin/bash。 sh在启动时不会读取您的.bashrc文件，因此它不知道您在那里定义的任何功能。

要从.bashrc使用该功能，你必须得到bash去运行它：

system("bash -c 'use Python-3.4; python --version'")

编辑：收单引号的位置。