bash：for循环，链接两个变量

Question

我遇到以下问题;两个目录，包含：

• DIR1：

file1.fq file2.fq file3.fq

等..

：类似下面的文件列表
• dir2：下面这样的文件：

f ile1.fq.sa file2.fq.sa file3.fq.sa

什么，我要做的就是运行使用file1.fq和file1.fq.sa在一起的命令。

我尝试了以下循环：

fq=dir1/* 
sa=dir2/* 

for fqfiles in $fq; 

do 

for sa_files in $sa; 

do 

mycommand ${sa_files} ${fqfiles} > ${sa_files}.cc & 

done 

done 

的问题是，我的循环执行以下命令：

mycommand file1.fq.sa file1.fq > file1.fq.sa.cc #correct 

而且

mycommand file1.fq.sa file2.fq > file1.fq.sa.cc #wrong! 

等..在几乎无限的循环中！

我希望我的循环可以产生类似：

mycommand file1.fq.sa file1.fq > file1.fq.sa.cc 
mycommand file2.fq.sa file2.fq > file2.fq.sa.cc 
mycommand file3.fq.sa file3.fq > file3.fq.sa.cc 

等等

你能帮帮我吗？

谢谢！

法比奥

Answer 1

您可以遍历dir1，使用上的文件basename，然后用dir2前缀和附加您所需要的扩展。您可能还需要检查这些文件在第二个目录，并运行你的命令只有当这两个文件都可以

for f in dir1/*.fq; do 
    b=$(basename "$f") 
    f2=dir2/"$b".sa 
    if test -f "$f2"; then 
     mycommand "$f2" "$f" >"$b".sa.cc 
    fi 
done 

如果你不想目录部分，用这一个，而不是

mycommand "$b".sa "$b" >"$b".sa.cc