为什么python用汉字写出来？

这是我的第一个关于Stack Overflow的问题，所以如果我的问题格式不正确，我想首先道歉。我对编码没有特别的经验，但我正在努力解决与我的工作有关的特定问题。为什么python用汉字写出来？

我想替换一个大的fasta文件（用于比对DNA序列）的标题。我有一个包含FASTA对准txt文件（alignment.txt），其具有这样的内容：

>418035201_b1_168_m12_gag__Assembly_8 
ATGGGTGCGAGAGCGTCAGTATTAAGTGGGGGAAA...... 

>418035201_b1_168_m12_gag__Assembly_19 
ATGGGTGCGAGAGCGTCAGTATTAAGTGGGGGAAA......

我也有将含有所需名称（newheaders.txt），其具有内容这样的文本文件：

>418035201_pM_s38_B168_m12_gag_c08_M13F_X00_consensus 
>418035201_pM_s38_B168_m12_gag_c19_M13F_X00_consensus 
....

我试图取代头与在newheaders.txt文件中的新头的alignment.txt文件（行开始“>”）。

我有以下内容的python脚本：

#!/usr/bin/env python 


fasta= open('alignment.txt','r') 
newnames= open('newheaders.txt','r') 
newfasta= open('newfasta.txt', 'w') 

for line in fasta: 
    if line.startswith('>'): 
     newname= newnames.readline() 
     newfasta.write(newname) 
    else: 
     newfasta.write(line) 
     print line 

fasta.close() 
newnames.close() 
newfasta.close()

当我运行它，我得到以下的输出：

>418035201_pM_s38_B168_m12_gag_c08_M13F_X00_consensus 
䄊䝔䝇䝔䝃䝁䝁䝃䍔䝁䅔呔䅁呇䝇䝇䅇䅁呁䅔䅇䝔䅃䝔䝇䅁䅁䅁呔.... 

>418035201_pM_s38_B168_m12_gag_c19_M13F_X00_consensus 
䄊䝔䝇䝔䝃䝁䝁䝃䍔䝁䅔呔䅁呇䝇䝇䅇䅁呁䅔䅇䝔䅃䝔䝇䝁䅁䅁呔....

“线”正在从罗马字符改为中国字符。它不应该是中文字符，我不能为我的生活工作，为什么发生这种情况！

将'行'打印到控制台时，它会正确打印。即

所以我相信它一定是写出来的。

如果有人能够帮助我或提供一些见解，我将不胜感激，谢谢。

[编辑：现在解决了。见下文。谢谢大家！]

来源

2017-03-15 Sophie

我的猜测是，也许你是解释文件为UTF-16，使两对字节是解释为单个字符。 –

代码在我的系统上运行，直接通过'python2 test.py'直接运行，没有任何IDE或任何东西。你在使用什么操作系统？ Tobias_k说的有道理，我不明白为什么会发生这种情况，除非系统运行UTF-16（'/ etc/locale.conf'和'locale-gen'来生成UTF-16）的默认localeconf。如果您正在运行Linux，请在控制台中向我们提供'locale -a'的输出。 – Torxed

我在MacOS Sierra 10.12上运行它。我意识到它正在运行python 2.7，所以我刚刚安装了python3。但是现在，我收到以下错误，当我尝试运行它： “语法错误：无效的语法 >>> /Users/Sophie/Desktop/AttemptToRename/replacenames.py 文件” ”，1号线 /用户/苏菲/桌面/ AttemptToRename/replacenames.py ^ 语法错误：无效的语法 >>> “ – Sophie

Python似乎支持open（）函数中的“encoding”参数来覆盖默认的编码格式。只要你知道你的输入和输出文件的正确的编码是，你应该能够通过添加类似如下（与你的情况正确的参数代替实际的编码）进行更正：

newnames= open('newheaders.txt','r', encoding='ascii') 
newfasta= open('newfasta.txt', 'w', encoding='utf_8')

PS ：看起来像这个问题是由于Python 3默认使用Unicode来处理文本文件I/O，这是Python 2.x的改变。

来源

2017-03-15 11:05:07 Pat

我意识到我使用Python 2.7，以便安装Python 3中，但我现在收到的SyntaxError当我尝试运行脚本： “SyntaxError：invalid syntax >>> /Users/Sophie/Desktop/AttemptToRename/replacenames.py File”“，line 1 /Users/Sophie/Desktop/AttemptToRename/replacenames.py ^ 语法错误：无效的语法 >>> “ 我现在不能工作了在1号线是什么无效？ – Sophie

谢谢大家的帮助。它现在已经解决了（本质上我是一个白痴）...

我如何固定它：

安装python3
重新保存两个.txt文件为Unicode UTF-8的Unix（ LF）换行符。
在脚本开始处将“＃！/ usr/bin/env python”更改为“＃！/ usr/bin/env python3”。
从命令行运行python3 /Users/Sophie/Desktop/AttemptToRename/replacenames.py。

它的工作！

我不确定是否所有这些步骤或只有其中一些步骤是必要的，但现在按计划运行。再次感谢你的帮助。现在就通过并投票！ [编辑：显然我的票不显示，因为我有一个低信誉...：/]

来源

2017-03-15 11:42:06 Sophie

为什么python用汉字写出来？

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