R optparse：使用相同前缀的输入和输出文件

我有一个R脚本，它根据输入数据计算一个图。R optparse：使用相同前缀的输入和输出文件

输入数据和输出文件应该有相同的文件名，只有文件扩展名应该不同。

例如，R脚本应该使用文件data.csv并生成图data.png。

然而，这并不工作：

library(optparse) 

option_list = list(
    make_option(c("-i", "--in_file"), type="character", default=NULL, 
       help="input file", metavar="filename"), 
    make_option(c("-o", "--out_file"), type="character", 
       default=paste(opt$infile, ".png", sep=""), 
       help="output file [default= %default]", metavar="filename") 
) 

opt_parser = OptionParser(option_list=option_list) 
opt = parse_args(opt_parser)

这给错误消息，因为opt无法找到（既不data.png也不data.csv.png创建）。

Error in paste(opt$infile, ".png", sep = "") : object 'opt' not found

任何想法如何解决这个问题？

编辑：忘了复制两行代码，现在代码已完成。

据我所知，opt无法找到，因为它是后来定义的。但是，我的问题仍然存在：如果没有给出其他值，我怎样才能确保输出文件具有相同的文件名（除了扩展名）作为输入文件？

来源

2016-03-14 maxie

你在哪里定义了'opt'？ –

谢谢，'opt'是问题所在，因为它是在我尝试访问它之后定义的。然而，我的问题仍然存在，请参阅编辑问题。 – maxie

可能会将默认值设置为NULL，并在以后的代码中使用'if（is.null（opt $ out_file））opt $ out_file < - gsub（“\\。csv $”，“.png”，opt $ in_file） ' – baptiste

也许是默认值设置为NULL，并在后面的代码使用如果（is.null（选择$ out_file））选择$ out_file < - GSUB（ “\ CSV $”， “png格式”， opt $ in_file）

@baptiste：谢谢你的解决方案。

make_option(c("-o", "--out_file"), type="character", 
      default=NULL, ...) 
... 
opt$out_file <- gsub("\\.csv$", ".png", opt$in_file)

来源

2016-03-15 09:52:16 maxie

不确定它是相关的，但在你的调用中粘贴时应该用“sep”代替“set”。

来源

2016-03-14 17:24:34 wotter

R optparse：使用相同前缀的输入和输出文件

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