结合R + awk + bash命令

我想结合awk和R语言。问题是我在指定的目录中有一组* .txt文件，我不知道文件头部的长度。在某些情况下，我必须跳过25行，而在其他情况下，我必须跳过27等等。所以我想输入一些awk命令来获取跳过的行数。一旦我有这个价值，我可以开始R.处理数据结合R + awk + bash命令

此外，在R文件结合我为r的庆典，所以我的代码如下所示：

!/usr/bin/env Rscript 
... 
argv <- commandArgs(T) 
**error checking...** 
import_file <- argv[1] 
export_file <- argv[2] 
**# your function call** 
format_windpro(import_file, export_file)

在哪里，我怎么能输入我的awk命令。谢谢！

我试着做你告诉我关于awk命令的信息，但仍然出现错误。该程序不能识别我的命令，所以我不能输入要跳到我的函数的行数。这里是我的代码：

** n第< - 粘贴（ '$（grep的-n 'M/S' import_file | awk的-F “：” '{$打印1}'）'）

n第< - 扫描（管道（nline），安静= T）**

我在第一列寻找模式m/s，以便知道我的标题文本在哪里。我在w7下使用R。

来源

2012-03-02 JPV

运行外部程序除了使用system("awk ...", intern=TRUE)的文森特的提示，你也可以用pipe()功能是普通的文本连接的一部分：

R> sizes <- read.table(pipe("ls -l /tmp | awk '!/^total/ {print $5}'")) 
R> summary(sizes) 
     V1   
Min. :  0 
1st Qu.:  482 
Median : 4096 
Mean : 98746 
3rd Qu.: 13952 
Max. :27662342 
R>

在这里，我将命令编入awk，然后读取awk的所有输出，也可能是单行：

R> cmd <- "ls -l /tmp | awk '!/^total/ {sum = sum + $5} END {print sum}'" 
R> totalsize <- scan(pipe(cmd), quiet=TRUE) 
R> totalsize 
[1] 116027050 
R>

来源

2012-03-02 13:36:58

++ ve，谢谢你的好回答德克先生。 – RavinderSingh13 2017-12-18 06:13:45

您可以使用system从R.

system("gawk --version", intern=TRUE)

来源

2012-03-02 10:52:35

但我在哪里使用它，在我的脚本或我的SAmpleStatus.r文件中。它是如何运行的？你能更精确一点吗？谢谢 – JPV 2012-03-02 12:05:21

你可以在你的R脚本中使用它来调用你的awk脚本（当然你需要替换'--version'）;它会返回awk脚本的输出，作为字符串的一个向量。 – 2012-03-02 12:17:26

结合R + awk + ​​bash命令

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