所以这有点微妙，需要对Gather集合如何放置复杂类型有所了解。
如果你看最多examples of MPI_Gather，它们是一维数组，它很容易解释应该发生什么;你会从每个进程中获得（比如说）10个整数，而且Gather很聪明，可以从开始的0级开始放入10个整数，在阵列的10-19个开始放置10个整数，依此类推。
虽然这样更复杂的布局稍微复杂一点。首先，从发送者的角度来看，数据布局与接收者的数据布局不同。从发送者的角度来看，您从数组元素[1][2]开始，转到[1][5]（数组大小为7x7），然后跳转到数组元素[2][3] - [2][5]等。 有CHUNK_ROWS个数据块，每个数据块之间用2个整数。
现在考虑接收者如何接收它们。假设它正在接收0级的数据。它将接收到数组元素[0][0]-[0][4] - 迄今为止非常好;但是接下来它将接收到大小为10x10的数组[1][0]-[1][4]中的下一个数据块。这是跳过5个元素。内存中的布局不同。因此，接收器将不得不接收不同的Subarray类型，然后发送者从中发送，因为存储器布局是不同的。
因此，尽管你可以从一些可以发送看起来像这样：
sizes[0] = CHUNK_ROWS+2;
sizes[1] = CHUNK_COLUMNS+2;
subsizes[0] = CHUNK_ROWS;
subsizes[1] = CHUNK_COLUMNS;
starts[0] = 1;
starts[1] = 1;
MPI_Type_create_subarray(ndims,sizes,subsizes,starts,MPI_ORDER_C,MPI_INT,&sendsubarray);
MPI_Type_commit(&sendsubarray);
您将会收到到的东西，看起来像这样：
sizes[0] = ROWS; sizes[1] = COLUMNS;
subsizes[0] = CHUNK_ROWS; subsizes[1] = CHUNK_COLUMNS;
starts[0] = 0; starts[1] = 0;
MPI_Type_create_subarray(ndims,sizes,subsizes,starts,MPI_ORDER_C,MPI_INT,&recvsubarray);
MPI_Type_commit(&recvsubarray);
最重要的是，注意到在区别sizes数组。
现在我们正在接近一点。请注意您的MPI_Gather线变为这样：
MPI_Gather(DEBUG_CH[0],1,sendsubarray,recvptr,1,recvsubarray,0,MPI_COMM_WORLD);
有几件事情没有工作对以前的版本，MPI_Gather(DEBUG_CH[0],1,subarray,ddd[0],CHUNK_ROWS*CHUNK_COLUMNS,MPI_INT,0,MPI_COMM_WORLD); - 首先，请注意，如果引用ddd[0]，但除了每个等级等级0，ddd=NULL，所以这将失败。因此创建一个名为say recvptr的新变量，并在等级零中将其设置为ddd[0]。 （其他进程认为它并不重要，因为他们没有收到。）另外，我认为你不想接收CHUNK_ROWS*CHUNK_COLUMSMPI_INTs，因为这会将它们连续放置在内存中，我的理解是你希望它们像从属任务一样排列，但是在更大的阵列中。
好的，现在我们正在某处，但上述仍然将无法正常工作，一个有趣的原因。对于1d阵列示例，很容易计算出第n个排序数据的位置。计算的方式是找到正在收到的数据的范围，并在该值后面开始下一个元素。但这在这里不起作用。 “就在”等级0的数据末尾不是排名第一的数据应该开始的地方（[0][5]），而是[4][5] - 排名0s子阵列中的最后一个元素之后的元素。在这里，你从不同级别收集的数据重叠！所以我们将不得不摆弄数据类型的范围，并手动指定每个等级数据的起始位置。第二个是容易的部分;当您需要手动指定每个处理器的数据量或其位置时，可以使用MPI_Gatherv函数。首先是棘手的部分。
MPI让我们来指定给定数据类型的下限和上限 - 在给定一段内存的情况下，此类型的第一位数据将会出现，以及“结束”的位置，这只是意味着下一个可以开始的地方。 （数据可以延伸超过类型的上限，我认为这些名称使得这些名称具有误导性，但事实就是这样。）您可以指定这是任何您喜欢的方式，以方便您;由于我们将处理数组int中的元素，因此让我们将我们的MPI_INT类型的大小设置为大小。 （注意，我们只需要为接收的类型做这件事;从发送类型来看，因为我们只发送其中之一，所以没关系）。
现在，我们将使用gatherv指定每个元素的起始位置 - 以这个新调整大小类型的“大小”为单位，该大小仅为1整数。因此，如果我们想要在[0][5]处进入大阵列，大阵列的起始位移为5;如果我们希望它在位置[5][5]处移动，则位移为55.
最后，请注意，收集和分散集体都假定即使“主”也参与。如果连主人都有他们自己的全局数组，那么最简单的方法就是让它工作。
因此，既然，我以下工作：
#include <mpi.h>
#include <iostream>
#include <cstdlib>
using namespace std;
#define ROWS 10
#define COLUMNS 10
#define CHUNK_ROWS 5
#define CHUNK_COLUMNS 5
#define TAG 0
int** alloca_matrice(int righe, int colonne)
{
int** matrice=NULL;
int i;
matrice = (int **)malloc(righe * sizeof(int*));
if(matrice != NULL){
matrice[0] = (int *)malloc(righe*colonne*sizeof(int));
if(matrice[0]!=NULL)
for(i=1; i<righe; i++)
matrice[i] = matrice[0]+i*colonne;
else{
free(matrice);
matrice = NULL;
}
}
else{
matrice = NULL;
}
return matrice;
}
int main(int argc, char* argv[])
{
int my_id, numprocs,length,i,j;
int ndims, sizes[2],subsizes[2],starts[2];
int** DEBUG_CH=NULL;
int** ddd=NULL;
int *recvptr=NULL;
char name[BUFSIZ];
MPI_Datatype sendsubarray;
MPI_Datatype recvsubarray;
MPI_Datatype resizedrecvsubarray;
//MPI_Status status;
MPI_Init(&argc, &argv) ;
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &my_id) ;
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &numprocs) ; // Ottiene quanti processi sono attivi
if (numprocs != 4) {
MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD,1);
}
MPI_Get_processor_name(name, &length);
//creo una sottomatrice ripulita dalle ghost cells
ndims=2;
sizes[0] = CHUNK_ROWS+2;
sizes[1] = CHUNK_COLUMNS+2;
subsizes[0] = CHUNK_ROWS;
subsizes[1] = CHUNK_COLUMNS;
starts[0] = 1;
starts[1] = 1;
MPI_Type_create_subarray(ndims,sizes,subsizes,starts,MPI_ORDER_C,MPI_INT,&sendsubarray);
MPI_Type_commit(&sendsubarray);
DEBUG_CH = alloca_matrice(CHUNK_ROWS+2,CHUNK_COLUMNS+2);
for(i=0; i<CHUNK_ROWS+2; i++){
for(j=0; j<CHUNK_COLUMNS+2; j++){
if(i==0 || i==CHUNK_ROWS+1 || j==0 || j==CHUNK_COLUMNS+1)
DEBUG_CH[i][j] = 5;
else
DEBUG_CH[i][j] = my_id;
}
}
recvptr=DEBUG_CH[0];
if(my_id==0){
ddd = alloca_matrice(ROWS,COLUMNS);
sizes[0] = ROWS; sizes[1] = COLUMNS;
subsizes[0] = CHUNK_ROWS; subsizes[1] = CHUNK_COLUMNS;
starts[0] = 0; starts[1] = 0;
MPI_Type_create_subarray(2,sizes,subsizes,starts,MPI_ORDER_C,MPI_INT,&recvsubarray);
MPI_Type_commit(&recvsubarray);
MPI_Type_create_resized(recvsubarray, 0, 1*sizeof(int), &resizedrecvsubarray);
MPI_Type_commit(&resizedrecvsubarray);
recvptr = ddd[0];
}
int counts[5]={1,1,1,1};
int disps[5] ={0,5,50,55};
MPI_Gatherv(DEBUG_CH[0],1,sendsubarray,recvptr,counts,disps,resizedrecvsubarray,0,MPI_COMM_WORLD);
if(!my_id){
for(i=0; i<ROWS; i++){
for(j=0; j<COLUMNS; j++){
printf("%d ",ddd[i][j]);
}
printf("\n");
}
}
if(my_id == 0) {
MPI_Type_free(&resizedrecvsubarray);
MPI_Type_free(&recvsubarray);
free(ddd[0]);
free(ddd);
} else {
MPI_Type_free(&sendsubarray);
free(DEBUG_CH[0]);
free(DEBUG_CH);
}
MPI_Finalize(); // Chiusura di MPI.
return 0;
}
哇。我想我不明白mpi_gather是如何工作的......非常感谢。我将打印您的答案并将其作为备忘录。 – Riff 2011-04-07 19:48:20