爆炸数据库索引错误

Question

我得到了以下错误消息，当我跑TBLASTN

TBLASTN -query〜/ seq.fa退房手续〜/ seq.out -db〜/喷砂/ NCBI-BLAST-2.2.29 +/db/nr -num_alignments 20000 BLAST数据库错误：在搜索路径中找不到用于核苷酸数据库[〜/ blast/ncbi-blast-2.2.29 +/db/nr]的别名或索引文件[〜/ blast/ncbi-blast -2.2.29 +/bin ::/directory/path/to/blast/databases：]

在/ db中，存在带有phd，phi，phr，pin，pnd，pni，pgo，ppd的nr文件，ppi，psd，psi和psq扩展名，用于所有nr文件，范围从00到16，即nr.00.phr等。

如果索引文件是db文件夹中的这些文件之一，为什么blast没有找到它们？

是否包含代表性基因组，因为这是我想要使用的？

微生物数据库如何？

非常感谢

Answer 1

爆炸，因为它正在寻找所谓的nr.phd文件，nr.phi，等找不到NR数据库...如果你创建一个在~/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/称为nr.pal文件，该文件包含以下内容：

TITLE nr database 
DBLIST nr.00 nr.01 nr.02 nr.03 nr.04 nr.05 nr.06 nr.07 nr.08 nr.09 nr.10 nr.11 nr.12 nr.13 nr.14 nr.15 nr.16 

你的命令应该工作。让我知道它是怎么回事....祝你好运，保罗