pytables安装失败

我做的：pytables安装失败

sudo pip install --upgrade tables

我得到：

/usr/bin/ld: cannot find -lhdf5 
collect2: ld returned 1 exit status 
.. ERROR:: Could not find a local HDF5 installation. 
    You may need to explicitly state where your local HDF5 headers and 
    library can be found by setting the ``HDF5_DIR`` environment 
    variable or by using the ``--hdf5`` command-line option. 
Complete output from command python setup.py egg_info: 
/usr/bin/ld: cannot find -lhdf5

但是：

$ echo $HDF5_DIR 
/opt/hdf5/ 
$ ls /opt/hdf5/ 
bin include lib share 
$ ls /opt/hdf5/lib/ 
libhdf5.a  libhdf5_hl.la libhdf5_hl.so.8  libhdf5.la  libhdf5.so libhdf5.so.8.0.1 
libhdf5_hl.a libhdf5_hl.so libhdf5_hl.so.8.0.1 libhdf5.settings libhdf5.so.8

有什么不对？如何调试？我已经尝试将HDF5_DIR设置为/ opt /或/ opt/hdf5/lib。

来源

2014-02-06 Emanuele Paolini

我有类似的问题，但我使用领先优势而不是点子释放（见旁白）。我也试过指着库本身

export HDF5_DIR=/usr/lib/libhdf5.so.6

但它没有工作。

旁白：您可以尝试PyTables的领先优势，如果你认为你的错误可能最近已解决：

sudo pip install git+https://github.com/PyTables/PyTables

。

在我安装hdf5库（libhdf5-openmpi-dev）的开发版本后，构建（这是由pip安装引起的）似乎进一步发展。由于其他原因，构建仍然失败，但这是您可以尝试的另一个方向。

来源

2014-10-07 04:50:29 Owen

'HDF5_DIR'需要一个目录而不是一个文件，' export HDF5_DIR =/local/johndoe/hdf5' – minerals

我也在Debian sid上尝试在本地virtualenv中工作时出现同样的错误。要解决它，我做了：

apt-get build-dep python-tables 
HDF5_DIR=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/ pip install tables

...现在它的工作。

来源

2014-11-14 01:07:17 csirac2

'sudo apt-get build-dep python-tables'对我来说已经足够了！（Ubuntu 14.04） – emmagras

我所要做的只是'sudo apt-get install hdf5-serial-dev'，然后是'pip install tables'。 –

自2014年以来，很多内容已经发生变化，很高兴知道-dev包现在可以用于pytables了:) – csirac2

我能够在OSX使用下面的代码虚拟环境中轻松解决这个问题：

$ brew install hdf5 
    $ pyvenv test 
    $ workon myvenv # to get pytables working within the virtual environment myvenv 
    $ pip install numpy numexpr cython 
    $ pip install tables

（在https://github.com/PyTables/PyTables/issues/385从andreabedini后取）

来源

2016-04-01 13:53:02

pytables安装失败

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