遍历在标题

Question

与不同数量的Linux文件，我想遍历在我的linux目录多个文件看起来像这样：

SRR057629_1.fastq.gz SRR057629_2.fastq.gz SRR057630_1.fastq.gz  
SRR057630_2.fastq.gz SRR057631_1.fastq.gz SRR057631_2.fastq.gz 
SRR057632_1.fastq.gz SRR057632_2.fastq.gz SRR057633_1.fastq.gz 
SRR057633_2.fastq.gz 

对我的挑战是，我需要SRR..._1和SRR..._2作为一个命令的输入（tophat2），然后对同一命令采取下一个SRR***_1和SRR***_2。原则上它看起来像这样：

tophat2 -G /Homo_sapiens/UCSC/hg19/Annotation/Genes/genes.gtf /Homo_sapiens /UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome SRR057636_1.fastq.gz SRR057636_2.fastq.gz 
tophat2 -G /Homo_sapiens/UCSC/hg19/Annotation/Genes/genes.gtf /Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome SRR057637_1.fastq.gz SRR057637_2.fastq.gz 

那么我怎么能改变这些数字（粗体）为每个命令？

SRR0576**29**_1.fastq.gz 

SRR0576**29**_1.fastq.gz 

最良好的祝愿， 西蒙

Answer 1

for a in *_1.fastq.gz; do 
    tophat2 -G /Homo_sapiens/UCSC/hg19/Annotation/Genes/genes.gtf /Homo_sapiens /UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome $a ${a/_1/_2} 
done