如何在R中加载后关闭hdf5文件？

Question

我已经在Linux机器上成功安装了hdf5软件包。我现在希望从循环中读取大量hdf5文件的数据并创建一个时间序列。每个hdf5文件对应不同的时间。在阅读了很多文件（超过1000个）后，R说太多的文件都打开了。我想找到一种方法来关闭它们，以便循环可以继续。下面是代码：

fdate <- "200605312355" # the first date for my test loop 
    fmax <- 1400 
    arr <- vector() 

    for (i in 1:fmax){ 
     fname <- paste(fdate,"_.h5") # path of h5 file 
     fid <- hdf5load(fname) # fid = NULL 
     arr[i] <- somevariable$data_array[lon,lat] 
     # would like to close the file here 
     fdate <- newdate(fdate,60*5) # a function that increments the date by seconds. 
    } 

的HDF5包中包含的功能hdf5cleanup，这看起来似乎是干净的东西了，但它需要一个文件标识符。我上面的代码中的fid返回NULL。试图插入文件名，而不是hdf5cleanup（fname）导致R中止。也许hdf5load应该关闭文件并失败。如果是这种情况，是否有任何方法通过发出system（）命令或其他方式来关闭连接？

可以肯定的是，showConnections（）不返回任何内容，简直就是头文件名称“描述类模式文本isopen可读取可以写入”。

我的问题简而言之： 如何在使用hdf5load（）加载后在R中关闭与hdf5文件的连接？

Answer 1

注意：根据评论，以下答案将无法正常工作。至少在现在，留下它来标记一条不成功的路线。

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我没有安装hdf5，所以我不能检查，如果这个工程，所以这是一个有点在黑暗中拍摄的：

fname <- paste(fdate,"_.h5") # path of h5 file 
# fhandle <- open(fname) # Comment pointed out this was not the intended function 
fhandle <- file(description = fname, open = "rb") 
hdf5load(fhandle) # hdf5load returns nothing when load=TRUE (the default) 
arr[i] <- somevariable$data_array[lon,lat] 
close(fhandle) 

文档说hdf5load需要一个文件名，但它也可能需要一个文件句柄。如果是这样，这可能会起作用。