for循环中堆叠的文件名

我是shell脚本的新手，所以这可能是一个愚蠢的问题。虽然我没有在网上找到答案。我正在采取同事脚本并对其进行更改以使其适用于我的数据。现在我正在运行一个只使用三个数据文件的测试。代码在脚本中经过一个for循环，并且它应该为每个不同的文件运行一次（三次）。for循环中堆叠的文件名

listtumor=`cat /Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun/MatchedTumorTest.txt` 
for i in $listtumor 
do 
lst=`ls /Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun/freshstart/${i}*.txt | awk -F'/' '{print $9}'`

MatchedTumorTest.txt只是包含了我使用的测试没有“.TXT”至于我可以告诉三种不同的文件名，这个代码应该只是通过脚本运行三次，每个文件。相反，我得到这个错误：

ls: /Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun/freshstart/TCGA-04-1514-01A-01D-0500-02_S01_CGH_105_Dec08\rTCGA-04-1530-01A-02D-0500-02_S01_CGH_105_Dec08\rTCGA-04-1542-01A-01D-0500-02_S01_CGH_105_Dec08*.txt: No such file or directory

出于某种原因，所有的文件名都堆放在彼此的顶部，而不是循环将每个单独的一个。任何想法为什么发生这种情况？

谢谢， T.J.

来源

2011-06-08 T.J.

它看起来像您的文本文件中的行可能由回车而不是换行符分隔。由于没有在您的示例文件名中有空格，则for循环应该，如果你初始化listtumor喜欢这个工作得很好：

listtumor=`tr '\r' '\n' < /Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun/MatchedTumorTest.txt`

的tr命令将翻译回车到换行，这是大多数文本处理器（如shell自己的命令）将会期待），并将结果写入标准输出。

来源

2011-06-08 21:03:16

这也适用！我被要求不要使用while循环，所以我用它来代替。谢谢！ – 2011-06-10 03:49:22

对于某些类型的分隔符，for循环不太适合。试试这个：

while read line; do 
    lst=`ls /Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun/freshstart/${line}*.txt | awk -F'/' '{print $9}'` 
    ... 
done < /Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun/MatchedTumorTest.txt

我在这里假设你将MatchedTumorTest.txt与新行分开。

来源

2011-06-08 16:54:11

@克里斯它似乎有摆脱了原来的错误，但现在我得到了不同的错误。 – 2011-06-08 17:13:37

qc-column-level-tumorTEST.sh：第104行：语法错误：文件意外结束 – 2011-06-08 17:14:16

我不知道这是否与所做的更改有关;我会一直陪着它。 – 2011-06-08 17:14:54

如此地结合一起：

dir="/Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun" 
file="$dir/MatchedTumorTest.txt" 

< "$file" tr '\r' '\n' | while read tumor 
do 
    ls "$dir/freshstart" | grep "$tumor.*\.txt$" 
done

将打印在$ DIR/freshstart所有的.txt文件名含有什么名字形成文件MatchedTumorTest.txt

来源

2011-06-08 22:52:43 jm666

for循环中堆叠的文件名

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