的Perl：通过文件句柄循环

Question

我是一个自学成才的Perler，寻求Perl的专家的协助：

我不断收到一个错误说我不能在foreach循环中使用的文件句柄，即使我”我一定会close吧（或者undef吧，我都试过了）。查看完整的错误在这里：http://cl.ly/image/2b2D1T403s14

的代码可以在GitHub：https://github.com/bsima/yeast-TRX

有问题的代码可以在文件“script.pl”中找到大约90行：

foreach my $species (keys %Saccharomyces) { 
    open(RAW,">./data/$species/$geneName/raw.csv"); 
     print RAW "gene,dinucleotide,position,trx.score,energy.score\n"; 
    undef RAW; 
    open(SMOOTH,">./data/$species/$geneName/smooth.csv"); 
     print SMOOTH "gene,position,trx.score,energy.score\n"; 
    undef SMOOTH; 
} 

非常感谢帮助！我不知道Perl如何处理文件句柄的复杂性，可能是因为我缺乏正式的培训。对我的整体代码质量的任何评论也是受欢迎的，如果有人觉得特别有用。

编辑：发现问题。 Perl不能即时生成目录，所以$species/$geneName目录甚至从未被创建。我在foreach循环的开头添加了一行，表示简单地mkdir("$species/$geneName");并解决了这个问题。

Answer 1

Perl无法即时生成目录，因此$species/$geneName目录甚至没有被创建。我在foreach循环的开头添加了一行，表示简单地mkdir("$species/$geneName");并解决了这个问题。

Answer 2

你得到警告，这是很能说明问题：

裸字RAW时不允许使用“严格潜艇”使用

而且，undef FILEHANDLE不如close FILEHANDLE好。

解决方案是使用正常范围的变量文件句柄，并关闭它们，这样的事情：

foreach my $species (keys %Saccharomyces) { 
    open my $raw, ">", "./data/$species/$geneName/raw.csv"; 
    print $raw "gene,dinucleotide,position,trx.score,energy.score\n"; 
    close $raw; 
    open my $smooth, ">", "./data/$species/$geneName/smooth.csv"; 
    print $smooth "gene,position,trx.score,energy.score\n"; 
    close $smooth; 
} 

此外，你应该检查是否$raw和$smooth试图写它们之前被打开。