f2py：输入不是fortran连续的

我用f2py包装了一些fortran代码。这里的Fortran代码：f2py：输入不是fortran连续的

MODULE iteration 
implicit none 
contains 

SUBROUTINE iterate(alpha, beta, e, es, rank, omega, smearing, prec, max_step) 
    REAL(kind=8), INTENT(in) :: omega, smearing, prec 
    INTEGER :: max_step, step, rank, cnt 
    COMPLEX(kind=16) :: alpha(rank,rank), beta(rank,rank), omega_mat(rank, rank), green(rank, rank) 
    COMPLEX(kind=16), INTENT(inout) :: e(rank,rank), es(rank,rank) 
    step = 0 
    omega_mat = 0 
    DO cnt=1, rank 
     omega_mat(cnt, cnt) = 1.0 
    ENDDO 
    omega_mat = omega_mat * (omega + (0.0, 1.0) * smearing) 
    DO WHILE (minval(abs(alpha)) .gt. prec .or. minval(abs(beta)) .gt. prec .and. step .lt. max_step) 
     green = zInverse(rank, omega_mat - e) 
     e = e + matmul(alpha, matmul(green, beta)) + matmul(beta, matmul(green, alpha)) 
     es = es + matmul(alpha, matmul(green, beta)) 
     alpha = matmul(alpha, matmul(green, alpha)) 
     beta = matmul(beta, matmul(green, beta)) 
     step = step + 1 
    ENDDO 
END SUBROUTINE iterate 

FUNCTION zInverse(n, a) result(ra) 
    INTEGER :: n,lda,ipiv(n),info,lwork 
    COMPLEX(kind=16)::a(n,n),ra(n,n),work(n) 
    ra=a 
    lwork=n 
    lda=n 
    CALL zgetrf(n, n, ra, lda, ipiv, info) 
    IF(info/=0) WRITE(0,*) 'Error occured in zgetrf!' 
    CALL zgetri(n, ra, lda, ipiv, work, lwork, info) 
    IF(info/=0) WRITE(0,*) 'Error occured in zgetri!' 
END FUNCTION zInverse 
END MODULE iteration

，然后我编译的代码与f2py -L/usr/lib -llapack -m pyiteration -c iteration.F90，并测试了

import numpy as np 
import pyiteration 
alpha = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex') 
beta = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex') 
e = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex') 
es = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex') 
# f2py is automatically generating rank for me 
pyiteration.iteration.iterate(alpha,beta, e, es, 1.0, 0.001, 0.001, 100)

不过，我有以下错误：ValueError: failed to initialize intent(inout) array -- input not fortran contiguous。

我GOOGLE了一下，发现f2py应该会自动使fortran数组连续。那么这里发生了什么？

来源

2016-03-11 Chong Wang

你必须创建数组作为Fortran的连续使用order='F'有序，让：

alpha = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex', order='F') 
beta = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex', order='F') 
e = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex', order='F') 
es = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex', order='F')

来源

2016-03-11 13:47:04

在Fortran中创建的数组（即out）将以Fortran连续返回。但是，我的理解是，所有传入的数组（即in和inout）必须在Python中指定为Fortran连续。如果f2py将它们从C更改为F，那可能意味着要创建一个副本，这会占用额外的内存，但效率并不高。

要解决这个问题，您需要做的就是为您的np.array调用添加一个order='F' kwarg。

来源

2016-03-11 13:44:53 farenorth

f2py：输入不是fortran连续的

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