使用GSUB两个字符

Question

之间的一个数

我有文件内容如下：

HNRNPF-human_SRA:SRR4421749_1_ENCFF938GRX.fastq.gz 
RBFOX2-human_SRA:SRR4421654_1_ENCFF187PBG.fastq.gz      
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_1_ENCFF158ZML.fastq.gz 
HNRNPK-human_SRA:SRR3469488_2_ENCFF267TVR.fastq.gz 
RBFOX2-human_SRA:SRR4421654_1_ENCFF588WPC.fastq.gz      
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_1_ENCFF550GXB.fastq.gz 

，我想将它们重新标记到：

HNRNPF-human_SRA:SRR442174_ENCFF938GRX.fastq.gz 
RBFOX2-human_SRA:SRR4421654_ENCFF187PBG.fastq.gz      
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_ENCFF158ZML.fastq.gz 
HNRNPK-human_SRA:SRR3469488_ENCFF267TVR.fastq.gz 
RBFOX2-human_SRA:SRR4421654_ENCFF588WPC.fastq.gz      
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_ENCFF550GXB.fastq.gz 

即我删除两者之间的数量“_” ，我一直在努力像GSUB和分割不同的命令，但我只在拆分命令：

name=U2AF2-human_SRA:SRR3469570_1_ENCFF158ZML.fastq.gz 
    echo $name | awk '{split($0, arr, "[__]"); print arr[3]}' 

Answer 1

awk解决方案。这将做到：

$ awk -F_ -v OFS=_ '{print $1,$2,$4}' file 
HNRNPF-human_SRA:SRR4421749_ENCFF938GRX.fastq.gz 
RBFOX2-human_SRA:SRR4421654_ENCFF187PBG.fastq.gz 
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_ENCFF158ZML.fastq.gz 
HNRNPK-human_SRA:SRR3469488_ENCFF267TVR.fastq.gz 
RBFOX2-human_SRA:SRR4421654_ENCFF588WPC.fastq.gz 
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_ENCFF550GXB.fastq.gz 

Answer 2

要删除您的字符串（与_取代他们）所有_<digit>_，一个简单的sed替代会做：

$ sed 's/_[0-9]_/_/g' file 

Answer 3

使用awk：

$ name="U2AF2-human_SRA:SRR3469570_1_ENCFF158ZML.fastq.gz" 
$ awk 'sub(/_[0-9]+_/,"_")' <<<"$name" 
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_ENCFF158ZML.fastq.gz 

保存为变量：

$ myvar=$(awk 'sub(/_[0-9]+_/,"_")' <<<"$name") 
$ echo "$myvar" 

或bash字符串替换

$ name="U2AF2-human_SRA:SRR3469570_1_ENCFF158ZML.fastq.gz" 
$ echo "${name/_[0-9]*_/_}" 
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_ENCFF158ZML.fastq.gz