一个S4级内使并行集群

可能重复：
S4 Classes: Multiple types per slot 一个S4级内使并行集群

我试图让我的第一个R包。我打算创建一个包含数据和一些处理数据的方法的S4类“测试”。在我的情况下，数据的处理可以通过多线程来改进。我测试了parLapply()，它提高了性能。

的问题是，我不想叫：

cl <- makeCluster(N) 
parLapply(cl, x, FUN, ...) 
stopCluster(cl)

在我要让每个平行方法

。这是因为它不够优雅，我认为，线程成本团队的重复创建（和破坏）。

因此，我正在考虑（简单地）在我的课程“test”中有一个cluster对象。然后，我可以，例如，做一个“测试”对象“o”，并调用“测试”setNumbrOfThreads(o) <- 4的方法。

但是，我遇到了实施麻烦。由于?makeCluster()状态下的返回值为“” C（‘SOCKcluster’，‘簇’）“‘”’类的对象”，我曾尝试：

setClass("test", 
    representation(
     data = "list", 
     nThreads = "numeric", 
     cluster = c("SOCKcluster", "cluster") #This seems incorrect 
    ), 
    prototype(
     data = NULL, 
     nThreads = 1, 
     cluster = makeCluster(1) # "cluster = NULL" does not help 
    ) 
)

ř抱怨element 3 of the representation was not a single character string 。所以我尝试没有更多的成功：cluster = "cluster"或cluster = "SOCKcluster"（代表）。

我的问题是：

我如何可以创建一个S4级与C级（“SOCKcluster”，“集群”）的一个成员对象？

谢谢

来源

2012-10-28 Quentin Geissmann

@BrandonBertelsen谢谢，我会尝试并更新。我在R和OOP方面很难。 –

布兰登问题的解决方案为我工作。这确实是重复的。 –

布兰登被问及把对象的不同类型（“苹果”，“橙”）到一个单一的插槽;你正在问在S4对象中使用S3类。符号c("SOCKcluster", "cluster")是S3的说法，SOCKcluster包含cluster作为父类。这是Example of Using an S3 Class in a S4 Object,的重复，而不是的S4 Classes: Multiple types per slot，并有一个扭曲 - 你有一个（短）的S3类层次结构，而不仅仅是一个单一的S3类。解决的办法是本着同样的精神，虽然与

setOldClass(c("SOCKcluster", "cluster")) 
A = setClass("A", representation(cluster="SOCKcluster"))

然后

> library(parallel) 
> a = A(cluster=makePSOCKcluster(2)) 
> a 
An object of class "A" 
Slot "cluster": 
socket cluster with 2 nodes on host 'localhost'

试图把一个MPI集群（需要snow和Rmpi）到类失败

> a = A(cluster=makeCluster(2, "MPI")) 
    2 slaves are spawned successfully. 0 failed. 
Error in validObject(.Object) : 
    invalid class "A" object: 1: invalid object for slot "cluster" in class "A": got class "spawnedMPIcluster", should be or extend class "SOCKcluster" 
invalid class "A" object: 2: invalid object for slot "cluster" in class "A": got class "MPIcluster", should be or extend class "SOCKcluster" 
invalid class "A" object: 3: invalid object for slot "cluster" in class "A": got class "cluster", should be or extend class "SOCKcluster"

创建一个支持cluster的类将需要读取?setOldClass。

来源

2012-10-29 00:04:29

一个S4级内使并行集群

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