让Rscript读取或从标准输入中获取输入

我看到如何让Rscript在给出文件名作为参数时执行我想要的操作，例如，如果我的RSCRIPT被称为script，包含：让Rscript读取或从标准输入中获取输入

#!/usr/bin/Rscript 
path <- commandArgs()[1] 
writeLines(readLines(path))

然后，我可以从bash命令行中运行：

Rscript script filename.Rmd --args dev='svg'

，并成功得到filename.Rmd回显给我看的内容。如果不是通过上述说法的文件名一样filename.Rmd我想文本从stdin通过它，我尝试修改我的脚本从标准输入读取：

#!/usr/bin/Rscript 
writeLines(file("stdin"))

，但我不知道如何构建命令行调用此案件。我试图在内容管道：

cat filename.Rmd | Rscript script --args dev='svg'

，也试图重定向：

Rscript script --args dev='svg' < filename.Rmd

，要么这样，我得到的错误：

Error in writeLines(file("stdin")) : invalid 'text' argument

（我也尝试open(file("stdin"))）。我不确定我是不是错误地构造了Rscript，或者是命令行参数不正确，或者两者都有。

2014-04-01 cboettig

可能重复（http://stackoverflow.com/questions/9370609/piping-stdin-to-r） – hrbrmstr

但可能会使用您的错误'writeLines'到读vs'readLines' – hrbrmstr

谢谢;使用'readLines（file（“stdin”））'代替'open（file（“stdin”））'解决了我的问题。 – cboettig

您需要从file("stdin")创建的连接中读取文本，以便将有用的任何内容传递给writeLines()的参数text。这应该工作

#!/usr/bin/Rscript 
writeLines(readLines(file("stdin")))

[管道标准输入到R]的

2014-04-01 21:15:52

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