在bash循环中使用多个变量解析文件行

给定一个包含2列，一个字符串和一个文件名的文件，它们如何与grep命令组合使用？还希望将输出指向与不同文件夹中的SEQFILE相同的名称。相信下面的接近，以正确引用丢失：在bash循环中使用多个变量解析文件行

while IFS=" ", read SEQID SEQFILE 
do 
grep -A1 -m 1 ${SEQID} ${SEQFILE} > ./tmp/${SEQFILE} 
done < missingSeq.txt

来源

2014-07-24 user2525172

是文件逗号或空格分隔？上面的IFS会让我想到或者两者兼而有之。 – kojiro

有一件事是你的ifs ..第二个是你的重定向操作符> –

你想要用grep命令做什么 –

如果该文件是逗号分隔，然后IFS=" ",是没有意义的，但如果它的空格分隔，然后将逗号的方式获得。这可能是解决问题上面你出示：

while IFS=' ' read id file; do 
    grep -A1 -m1 "$id" "$file" > "./tmp/$file" 
done < missingSeq.txt

来源

2014-07-24 19:16:30 kojiro

你说得对，它是空格，额外的逗号是错误。这两个列文件是来自并行运行作业的错误报告，需要为每个文件名附加每个SEQID（和下面一行）。谢谢！ – user2525172

IFS=' ' 
while read seq_id seq_file; do 
    grep -A1 -m1 "$seq_id" "$seq_file" >> ./tep/seq_file # i assume "tep" was actually meant 
done < missingSeq.txt

来源

2014-07-24 19:20:27

做一点干净吧 –

>>将追加到文件..时间>将覆盖 –

在bash循环中使用多个变量解析文件行

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