指定颜色的点图

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我想用ggplot2制作一些dotplots，但是我需要为我的数据指定颜色并标记其中的一些。指定颜色的点图

这里是我的数据集的部分看起来像：

FactorA Gene P-value  logFC 
    a  A  0.01   2 
    a  B  0.07   3 
    b  A  0.05  -1 
    b  B  0.03  -0.5

所以我想是

如果我的P值> 0.05，则该点是灰色，
如果P值为< 0.05且logFC> 0，则该点为红色，并且如果P值为< 0.05且logFC为< 0，则该点为绿色。

然后，我也希望点看起来像黑色轮廓的圆形，并填充如上。然后我只想用P值< 0.05来标记基因。然后我希望我的dotplots通过FactorA facet_wrap。

我应该如何在ggplot2中指定这些？

来源

2015-09-10 Crystal

新列：根据同性恋者亲友指定什么以上。然后将颜色映射到您的标志变量。对于标签geom_text（），定义您的标签在美学（'aes（）'）中，包括您所需的[条件标签] [1]（P值<0.05）。 [1]：http://stackoverflow.com/a/15625149/4718512 – oshun

列名称中的虚线在R中不起作用。如果您想在可能被称为“标准”的答案中发布文本文件并输入语句R”。 –

你可以发布迄今为止尝试的'ggplot2'代码吗？ – eipi10

这对我的作品

df$new <- ifelse(df$Pvalue > 0.05, "grey", 
    ifelse(df$logFC > 0, "red", "green")) 
library(ggplot2) 
q <- qplot(Pvalue, logFC, data = df, shape=new, fill=new, colour=new) 
q <- q + scale_shape_manual(values=c(21,21,21)) 
q <- q + scale_fill_manual(values=c("green", "grey", "red")) + scale_colour_manual(values=c("black", "black", "black")) 
q <- q + geom_text(aes(label=ifelse(Pvalue > 0.05 ,as.character(FactorA),'')),hjust=0,just=0) 
q + facet_wrap(~ FactorA, ncol=2)

感谢@oshun的条件geom_text

另外，使用ggplot()代替qplot()：

library(ggplot2) 
g <- ggplot(df, aes(x = Pvalue, y = logFC, fill = new) + 
     geom_point(color = "black", shape = 21) + 
     scale_fill_manual(values = c("green", "grey", "red")) + 
     geom_text(aes(label = ifelse(Pvalue > 0.05, 
             as.character(FactorA), '')), 
        hjust = 0) + 
     facet_wrap(~ FactorA, ncol = 2)

来源

2015-09-10 23:35:30 PereG

增加了一个'ggplot'编辑...我认为事情很复杂，在这里很好地获得完整的设置。在那个版本中，我将不变的颜色和形状合并到'geom'中，以便不需要定义手动缩放。如果您希望我可以将其作为单独的答案发布，但与您的答案没有多大区别。 – Gregor

感谢您分享您的改进！ – PereG

当我运行df $ new = ifelse函数时，出现以下错误：'$ < - 。data.frame'（'* tmp *'，“new”，value = logical（0））：替换为0行，数据有6 – Crystal

指定颜色的点图

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