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有没有办法阻止snakemake制作一个不存在的输出目录?防止snakemake制作输出目录
fimo
如果该目录已经存在,则MEME套件会在运行结束时恼人地失败。
我的解决方法是给fimo
一个与我在output
中指定的目录不同的目录,但想知道是否有更直接/优雅的解决方案。
实例给出:
rule generate_scan:
output:
PROJECT_BASE + '/results/fimo_scan/fimo.txt'
params:
genome = '/home/hjp/ImmuneProject/hg19_reference/hg19.fa',
motif_database = PROJECT_BASE + '/motif_databases/HUMAN/HOCOMOCOv10_HUMAN_mono_meme_format.meme',
tmp = 'results/tmp_fimo'
shell:
'/home/hjp/meme/bin/fimo'
' -o {params.tmp}'
' --motif GATA2_HUMAN.H10MO.A'
' {params.motif_database}'
' {params.genome}'
' && '
'mv {params.tmp}/* {PROJECT_BASE}/results/fimo_scan/'
' && '
'rm -rf {params.tmp}'
提前感谢!
doh。像往常一样,谢谢! – Harold