在R脚本内部的SSH进入MySQL数据库

Question

我试图连接到一个MySQL服务器，该服务器被连接到给定的服务器所限制。我试图通过这个限制服务器连接，而没有物理连接。

通过命令行可以创建SSH连接，之后我可以从命令行运行MySQL命令。例如：

ssh myUsername@Hostname 
myUsername@Hostname's password: 
[myUsername@Host ~]$ mysql -h mySQLHost -u mySQLUsername -p mySQLPassword 

不过，我想从R内连接到MySQL数据库，这样我就可以发送查询表中读入我的当前R会话。通常我会在命令行中运行R会话，但服务器没有安装R。

例如，我有此代码段，当我物理连接到服务器（填写信息改变），那个工作：

myDB <- dbConnect(MySQL(), user="mySQLUsername", password="mySQLPassword", dbname="myDbname", host="mySQLHost") 

从本质上说，我想通过一个管道来运行这个相同的命令，所以myDB对象是一个可用的mySQL连接。

我一直在试图从R内部管道进入限制服务器，并且已经能够读取一个csv文件。例如：

dat <- read.table(pipe('ssh myUsername@Hostname "cat /path/to/your/file"')) 

这促使我要我的密码，并且表读取（如建议它会here）。但是，我不确定如何将其转换为MySQL连接。例如，我应该使管道部分的参数为host？这是我的第一个想法，但一直无法做到这一点。

任何帮助，将不胜感激。

Answer 1

我使用SSH隧道完成了Postgres的类似任务。实际上，你对SSH隧道所做的工作是“建立到远程服务器的连接，并将该服务器的端口作为本地计算机上的端口使用”。

ssh -L local_port:lochalhost:remote_port username@remote_host 

具体来说，你用这个命令做的是建立一个本地端口转发SSH隧道是什么，它走的是端口：

您可以使用本地计算机上运行以下命令建立一个SSH tunnel您将直接连接到安装了数据库的计算机上（remote_port），并将其安全地发送到您安装了R的计算机上，作为local_port。

例如，对于具有下列选项的数据库服务器：

hostname: 192.168.1.3 
username: mysql 
server mysql port: 3306 

你可以使用下面的命令（在命令行，或R中使用system2）上创建一个隧道端口9000的机：

ssh -L 9000:localhost:3306 mysql@192.168.1.3 

根据您的具体DBI连接的样子在R，你可能需要稍微编辑连接配置，使其连接到新创建的隧道口。我使用不同的本地主机端口的原因是，它防止与本地数据库版本发生冲突，如果你有一个。