从JAVA文件中提取特定数据

>1A3B:H|PDBID|CHAIN|SEQUENCE 
IVEGSDAEIGMSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCLLYPPWDKNFTENDLLVRIGKHSRTRYERNIEKISM 
LEKIYIHPRYNWRENLDRDIALMKLKKPVAFSDYIHPVCLPDRETAASLLQAGYKGRVTGWGNLKETWTANVGKGQPSVL 
QVVNLPIVERPVCKDSTRIRITDNMFCAGYKPDEGKRGDACEGDSGGPFVMKSPFNNRWYQMGIVSWGEGCDRDGKYGFY 
THVFRLKKWIQKVIDQFGE 
>1A3B:I|PDBID|CHAIN|SEQUENCE 
GGQSHNDGDFEEIPEEYL 
>1A3B:L|PDBID|CHAIN|SEQUENCE 
TFGSGEADCGLRPLFEKKSLEDKTERELLESYIDGR

这是存储在文本文件中的数据。我如何去提取数据严格间从JAVA文件中提取特定数据

">1A3B:I|PDBID|CHAIN|SEQUENCE" and ">1A3B:L|PDBID|CHAIN|SEQUENCE",

当只有

">1A3B:I|PDBID|CHAIN|SEQUENCE"

我们所知。

此外，在这个给出的例子中，虽然要检索的数据只有一行，但它也可以变化多达几行。到目前为止，我尝试将文件的全部内容写入字符串变量并使用子字符串，但由于末尾索引未知，该逻辑似乎有缺陷。请帮忙

import java.io. *;公共类ReadingChainSpecificFastaSequence {

public static void main(String[] args) { 


      File file = new File("1A3B.fasta.txt"); 
      BufferedInputStream bin = null; 

      try 
      { 

        FileInputStream fin = new FileInputStream(file); 


        bin = new BufferedInputStream(fin); 


        byte[] contents = new byte[1024]; 

        int bytesRead=0; 
        String strFileContents=null; 

        while((bytesRead = bin.read(contents)) != -1){ 

          strFileContents = new String(contents, 0, bytesRead); 

        } 
        // System.out.print(strFileContents); 
        String search = ">1A3B:I|PDBID|CHAIN|SEQUENCE"; 
        int start = (strFileContents.indexOf(search))+30; 
        String search2= ">1A3B:L|PDBID|CHAIN|SEQUENCE"; 
        int end= (strFileContents.indexOf(search2)); 
        String result = strFileContents.substring(start,end); 

      } 
      catch(FileNotFoundException e) 
      { 
        System.out.println("File not found" + e); 
      } 
      catch(IOException ioe) 
      { 
        System.out.println("Exception while reading the file "+ ioe); 
      } 
      finally 
      { 

        try{ 
          if(bin != null) 
            bin.close(); 
        }catch(IOException ioe) 
        { 
          System.out.println("Error while closing thestream:"+ioe); 
        } 

      } 
    } 
    }

来源

2013-01-22 kuks

请在问题中包含您的代码。 –

正则表达式是你的朋友 – Mark

什么意思_when只有'> 1A3B：I | PDBID | CHAIN | SEQUENCE'是我们所知道的._？你的意思是说你不知道结尾分隔符是什么？这部分没有意义。或者，您的意思是要提取的数据在''''下一行开始处结束？ –

好像你要读取输入的每一行和：

如果存在于线\，
看那对这个角色把它分解拆分字符串的第一个元素，并在:处将其拆分以找到当前标记，将第一部分（1A3B）保存为变量，将第二部分保存到另一个变量
从这个“开始”标记中，确定您要查找的下一个标记是：通过取第一部分并在第二部分之后添加字母（形成1A3B:L）。
保持读取每一个新的输入行，将这些行存储在某种列表或数组中，直到一行以结束标记开始（1A3B:L）。

来源

2013-01-22 18:04:07

将问题分解为更小，更容易定义的步骤。

你知道你的文件有一个最终的文件，并且您知道您的文件使用>符号定义文本部分的开头。

将文件读入字符串。
查找第一个>的索引。
查找下一行分隔符的索引。
解释部分标题。
查找下一个>的索引或文件结尾
在行分隔符和索引之间保存数据。
从查找下一行分隔符的索引开始重复，直到文件结束。

来源

2013-01-22 18:06:04

从JAVA文件中提取特定数据

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