绘制hclust仅限于切割群集，不是每一片叶子

Question

我有一个具有近2000个样本的hclust树。我已经将它切成适当数量的簇，并想绘制树状图但结束于我切割簇的高度，而不是一直到每个单独的叶。每个绘图指南都是关于通过簇绘制所有树叶或绘制一个盒子，但似乎没有将叶子完全留在切割线之下。

我的全树状图如下所示：

我想绘制它，如果它停在那里，我得出的abline这里（例如）：

Answer 1

这应该让你开始。我建议您阅读帮助页面“树状图”

下面是从帮助页面的例子：

hc <- hclust(dist(USArrests)) 
dend1 <- as.dendrogram(hc) 
plot(dend1) 
dend2 <- cut(dend1, h = 100) 
plot(dend2$upper) 
plot(dend2$upper, nodePar = list(pch = c(1,7), col = 2:1)) 

通过执行树形对象（不是hclust对象）对砍，那么你可以绘制上部分树状图。取决于您的分析，将需要一些工作来替换branch1,2,3和4标签。

祝你好运。