从Popen捕获输出

Question

也许我需要的是对STDOUT是什么的一般解释，但这是我的问题。我需要在python中的一堆文件对中运行shell脚本，并解析输出。如果我运行：

from itertools import combinations 
from subprocess import Popen 

for pair in combinations(all_ssu, 2): 
    Popen(
     ['blastn', 
     '-query', 'tmp/{0}.fna'.format(pair[0]), 
     '-subject', 'tmp/{0}.fna'.format(pair[1]), 
     '-outfmt', '6 qseqid sseqid pident' 
     ], 
    ) 

...这似乎工作大（注：all_ssu是文件名实质上的列表）。 shell打印出一串我想要比较的数据。那么，如何将打印的数据打印到列表或数据框中，以便我可以使用它？

环视文档和这里其他一些问题之后，它看起来像stdout标志是寻找一个文件对象，所以我尝试：

from itertools import combinations 
from subprocess import Popen 
for pair in combinations(all_ssu, 2): 
    out_file = open('tmp.txt', 'rw') 
    Popen(
     ['blastn', 
     '-query', 'tmp/{0}.fna'.format(pair[0]), 
     '-subject', 'tmp/{0}.fna'.format(pair[1]), 
     '-outfmt', '6 qseqid sseqid pident' 
     ], 
     stdout=out_file 
    ) 
    for line in out_file.readlines(): 
     print line 
    out_file.close() 

，这也似乎工作，但我创建那个我不需要的临时文件。我试图设置一个变量captured到None，然后把stdout=captured，但在这种情况下，它只是将captured设置为0.我也试过out = Popen(...)没有stdout标志，但再次，out只是int(0)。我也尝试玩PIPE，但无法做到正面或反面。

所以问题是：我如何直接从Popen捕获输出？

Answer 1

试试这个：

from itertools import combinations 
from subprocess import Popen, PIPE 
for pair in combinations(all_ssu, 2): 
    out = Popen(
     ['blastn', 
     '-query', 'tmp/{0}.fna'.format(pair[0]), 
     '-subject', 'tmp/{0}.fna'.format(pair[1]), 
     '-outfmt', '6 qseqid sseqid pident' 
     ], 
     stdout=PIPE 
    ).communicate[0] 
    print(out) 

从How can I get terminal output in python?

stdout是公正的程序，这是该文件的标准输出，其中，该程序将打印将被写入任何东西。

如果你想在输出作为一个列表，那么你可以在循环之前只是创建一个空的列表（l = []或东西），并在每次循环

Answer 2

从Python 2.7版的结尾做l.append(out)起，你可以使用 - subprocess.check_output

它将执行的命令的输出返回为字节字符串。

示例 -

>>> import subprocess 
>>> s = subprocess.check_output(["echo","Hello World!"], shell=True) 
>>> s 
b'"Hello World!"\r\n' 

我不得不用我的窗户shell=True这个工作，但在Linux上，这可能是不需要的。