在Unix命令行中使用变量

Question

我试图让自己的生活更容易一点，但它还没有工作。我正在试图做的是以下几点：

注：我在Unix服务器上运行R，因为我的脚本的其余部分是R.这就是为什么有system(" ")

system("TRAIT=haptoglobin") 

system("grep var.resid.anim rep_model_$TRAIT.out > res_var_anim_$TRAIT'.xout'",wait=T) 

然而，结果是读取文件rep_model_.out并创建了res_var_anim_.xout，但需要读取rep_model_haptoglobin.out并需要创建res_var_anim_haptoglobin.xout。

当我在腻子中运行完全相同的东西（当然没有system(" ")），则读取正确的文件并创建正确的输出。当我刚刚删除我创建的变量时，该脚本也适用。但是，我需要多次这样做，所以一个变量对我来说非常方便，但我无法使其工作。

Answer 1

此代码不会在控制台上打印任何内容。

system("xxx=foo") 
system("echo $xxx") 

但是下面呢。

system("xxx=foo; echo $xxx") 

只要完成一次“系统”调用，系统就会忘记您的变量定义。

在你的情况，有关努力如何：

system("TRAIT=haptoglobin; grep var.resid.anim rep_model_$TRAIT.out > res_var_anim_$TRAIT'.xout'",wait=T) 

Answer 2

你可以把所有这一切在R：

grep_trait <- function(search_for, in_trait, out_trait=in_trait) { 
    l <- readLines(sprintf("rep_model_%s.out", in_trait)) 
    l <- grep(search_for, l, value=TRUE) %>% 
    writeLines(l, sprintf("res_var_anim_%s.xout", out_trait)) 
} 

grep_trait("var.resid.anim", "haptoglobin") 

如果有一个担心，这些文件被读入内存第一（即如果他们是巨大的文件），那么：

grep_trait <- function(search_for, in_trait, out_trait=in_trait) { 
    fin <- file(sprintf("rep_model_%s.out", in_trait), "r") 
    fout <- file(sprintf("res_var_anim_%s.xout", out_trait), "w") 
    repeat { 
    l <- readLines(fin, 1) 
    if (length(l) == 0) break; 
    if (grepl(search_for, l)[1]) writeLines(l, fout) 
    } 
    close(fin) 
    close(fout) 
}