在超尺寸对象中用不同颜色绘制多个光谱

我试图在具有不同颜色的每个光谱的同一图上绘制多个光谱。我使用hyperSpec包和ggplot2中的'hyperSpec'对象。我的数据集是相当大的，但它的一部分看起来像这样：在超尺寸对象中用不同颜色绘制多个光谱

> dataTable 
    1_6-5p.asc 1_6-25p.asc 1_6-50p.asc 1_6-75p.asc 1_6-95p.asc 
4000 98.35901 97.04647 98.65234 99.17536 97.11173 
3999 98.35578 97.04401 98.65169 99.17371 97.11437 
3998 98.35255 97.03779 98.65102 99.17253 97.11699 
3997 98.34935 97.03048 98.65038 99.17188 97.12239 
3996 98.34452 97.02479 98.64652 99.17108 97.12877 
3995 98.33943 97.02187 98.64160 99.16943 97.13389 
3994 98.33523 97.02140 98.63806 99.16646 97.13641 
3993 98.33336 97.02289 98.63696 99.16242 97.13630 
3992 98.33389 97.02617 98.63755 99.15876 97.13475 
3991 98.33560 97.03071 98.63850 99.15775 97.13349 
3990 98.33731 97.03488 98.63908 99.16082 97.13384 
3989 98.33895 97.03685 98.63897 99.16680 97.13568 
3988 98.34147 97.03625 98.63773 99.17248 97.13708 
3987 98.34556 97.03472 98.63520 99.17517 97.13553 
3986 98.35042 97.03425 98.63230 99.17450 97.13028 
3985 98.35414 97.03502 98.63068 99.17167 97.12378 
3984 98.35526 97.03520 98.63142 99.16771 97.12050 
3983 98.35411 97.03351 98.63443 99.16319 97.12381 
3982 98.35249 97.03137 98.63891 99.15940 97.13368 
3981 98.35214 97.03208 98.64386 99.15863 97.14675

我的代码绘制：

> spc <- new('hyperSpec',dataTable) 
> p <- qplotspc(spc) 
> p <- p + scale_x_reverse() 
> print(p)

我尝试添加自定义颜色的scale_x_manual但我不能”不要让它工作，我对ggplot很新。

请帮助，谢谢！

来源

2015-01-10 Mohammed Khan

它看起来像'hyperSpec'正在处理的每一行作为一个单独的光谱，而不是每一列。那是对的吗？ – eipi10

这是正确的，我也尝试使用ggplot（）而不将表转换为每个光谱具有单独geom_line（）的'hyperSpec'对象，但是这也会产生相同的输出并且我仍然无法添加颜色 –

让我们尝试使用直接ggplot2，因为这将给予我们最大的灵活性：

library(ggplot2) 
library(reshape2) # For melt function 

# Turn rownames into a data column 
dataTable$x = as.numeric(rownames(dataTable)) 

# melt using x (the former rownames) as the ID variable 
dataTable.m = melt(dataTable, id.var="x") 

ggplot(dataTable.m, aes(x, value, colour=variable, group=variable)) + 
    geom_line() + geom_point() + 
    scale_x_reverse()

colour告诉ggplot给的variable每个值（这是频谱标识符）一个单独的颜色。 group告诉ggplot每个光谱应绘制为一个单独的行。你可以做更多的定制，但这是基本的想法。

enter image description here

来源

2015-01-11 00:03:03 eipi10

感谢答案是，但是我正在寻找x轴和图例切换，所以在同一个图上将有5个文件名作为5个不同的线图，并且x轴将是4000,3999,3998,3997 ，等等 –

我收到警告信息 '警告信息：在dataTable $ x = as.numeric（rownames（dataTable））：强迫LHS列表以及eval中的错误（expr，envir， enclos）：找不到对象'x' –

对不起，我没有'dataTable'作为矩阵。我必须将'dataTable'改为数据框，然后才能完美运行。谢谢！！！ –

在超尺寸对象中用不同颜色绘制多个光谱

回答

相关问题