Python函数和for循环

Question

我是Python新手，我似乎没有从FOR循环中获得正确的行为。

我已经有了IDS的名单，我想重复一个“.gtf”文件（制表符分隔的多行），并从中提取对应于那些IDS一些值。

看来，正则表达式的构造不能在findgtf函数内正常工作。从第二次迭代开始，传递给函数的“id”变量不会用于“sc”变量的正则表达式模式，并且随后模式匹配不起作用。在每次迭代之前是否需要重新初始化变量“id”或/和“sc”？ 我的话，你能告诉我如何实现这一

这里的是代码：

#!/usr/bin/python 
# -*- coding: utf-8 -*- 
import sys, os, re 
#Usage:gtf_parser_4.py [path_to_dir] [IDlist] 

#######FUNCTIONS###################################### 

def findgtf(id, gtf): 

    id=id.strip()#remove \n 
    #print "Received Id: *"+id+"* post-stripped" 

    for line in gtf: 
     seq, source, feat, start, end, score, strand, frame, attribute = line.strip().split("\t") 
     sc = re.search(str(id), str(attribute)) 

     if sc: 

      print "Coord of "+id+" -> Start: "+str(start)+" End: "+str(end) 

###########################MAIN######################### 
#Arguments retieval 
mydir = sys.argv[1] 
#print"Directory : "+mydir 
IDlist = sys.argv[2] 
#print"IDlist : "+IDlist 
path2ID = os.path.join(mydir, IDlist) 
#print"Full IdList: "+path2ID 
#lines to list 
IDlines = [line.rstrip('\n') for line in open(path2ID)] 

#Open and read dir 
for file in os.listdir(mydir): 
    if file.endswith(".gtf"): 

     path2file = os.path.join(mydir, file) 
     #print"Full gtf : "+path2file 
     gtf = open(path2file,"r") 

     for id in IDlines: 
      print"ID submitted to findgtf: "+id 
      fg = findgtf(id, gtf) 
     gtf.close() 

这里是从控制台（提交了IDLIST检索与3个IDS结果：LX00_00030，gyrB基因， LX00_00065）：

ID submitted to findgtf: LX00_00030 
    Coord of LX00_00030 -> Start: 4299 End: 5303 
    ID submitted to findgtf: gyrB 
    ID submitted to findgtf: LX00_00065 

正如你所看到的第一个ID工作正常，但第二第三的不产生任何结果（虽然他们做，如果他们的订单在IDLIST切换）。

在此先感谢您的帮助

Answer 1

您的代码不工作，因为你正在试图多次迭代相同的文件对象。一个文件记录你在内部阅读的位置，所以当你阅读到最后时，你就再也看不到了！

为了使您的代码正常工作，您需要seek回到文件的开始位置，然后再次迭代。

for id in IDlines: 
    print"ID submitted to findgtf: "+id 
    gtf.seek(0) # seek to the start of the file 
    fg = findgtf(id, gtf)