模式匹配UNIX

我正试图在perl代码中实现模式匹配。我会举一个例子，以便更容易解释。模式匹配UNIX

我试图使用samtools下面的链接 - 视图：

ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data/HG00132/alignment/HG00132.mapped.SOLID.bfast.GBR.low_coverage.20111114.bam

samtools只允许特定的datasline与下面的语法进行检索：

samtools查看-h ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data/HG00132/alignment/HG00132.mapped.SOLID.bfast.GBR.low_coverage.20111114.bam 1 ：123-1234

它们有1000个，链接的'GBR'位发生变化。所以我写了一个简单的perl脚本，并用'ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data/HG00132/alignment/HG00132.mapped.SOLID.bfast.*.bam'替换链接。但它不承认链接。所以我想知道是否有类似的方式在unix中使用*，你可以在文本中间使用，而不是在最后使用。所以我想用明星来代替GBR，也保持“咣当”位在文件名的远端（我并不需要下载的文件）

预先感谢您

来源

2012-03-28 user1007742

您是否使用命令行连接到此ftp服务器，对不对？那么我想你可以尝试使用get命令和你想要的模式。 – tartar 2012-03-28 08:50:31

鞑靼，我想在Perl代码中使用这行。我不想直接下载该文件，但从该链接使用它 – user1007742 2012-03-28 09:15:15

使用LWP浏览FTP。没有超链接，所以你必须解析列表来区分你想要镜像的文件。像*这样的壳体不起作用，但是正则表达式是合适的。

未经测试的示例：收集来自指定目录的所有bam URI。

use File::Listing qw(parse_dir); 
use LWP::UserAgent qw(); 

my @bam_files; 

my $base = 'ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data/HG00132/alignment/'; 
my $ua = LWP::UserAgent->new; 
my $index = $ua->get($base); 
for my $entry (parse_dir $index->decoded_content) { 
    my $filename = $entry->[0]; 
    next unless $filename =~ /bam$/; 
    push @bam_files, $base . $filename; 
}

如果不先下载FTP文件，则无法使用FTP文件（请参阅method get in LWP::UserAgent）。这并不意味着将其保存在本地文件系统上（这将是方法mirror）。

samtools也必须在幕后执行此操作，也许使用协议扩展来下载范围，而不是完整的文件。

来源

2012-03-28 09:40:26 daxim

我正在使用Samtools的数据切片，而且您不需要下载实际的文件：samtools view -h ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data/HG00132/alignment/HG00132.mapped。 SOLID.bfast.GBR.low_coverage.20111114.bam 1：123-1234 – user1007742 2012-03-28 09:56:04

所有这些重要信息都属于这个问题，而不是散布在评论中。 [编辑问题]（http://stackoverflow.com/posts/9904013/edit）进行修改。 – daxim 2012-03-28 10:06:54

1.然后，我建议使用perl [ftp] [1]模块，而不是下载文件，但运行ls命令列出所有文件。 2.然后，您可以使用正则表达式来过滤掉所有不必要的文件，但需要的文件。 3.然后，你将在该文件列表上工作。在该列表上运行您想要的任何命令。 [1]：http://perldoc.perl.org/Net/FTP.html – tartar 2012-03-28 15:25:30

从wget advanced usage examples ：

You want to download all the GIFs from an HTTP directory. 
wget http://host/dir/*.gif doesn't work, since HTTP retrieval does not support 
globbing. In that case, use: 

wget -r -l1 --no-parent -A.gif http://host/dir/

来源

2012-03-28 08:51:06

谢谢，但我不完全在wget之后。我想用这行perl代码。 – user1007742 2012-03-28 09:11:12

你应该用这个要求更新你的问题。 – 2012-03-28 09:13:09

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