我有两个列表,list1
和list2
。前者由簇值组成,后者由簇值组成。每个列表中的元素都是严格相关的,例如list1[[1]]
有13个数字,而list2[[1]]
有13个对应于list1
中每个值的pvalues。然后,我有另一个列表list3
,根据list1
中的数字对一定数量的pvalues(在我的实际情况下至少有100个)进行分类,即list3['1']
将具有对应于值1
的list2
的所有pvalues。这里是一些对象的例子,以澄清问题。创建一个矩阵列表,其中列是基于列表的排列
list1
# $cluster.1
# [1] 1 2 12 58 31 41 44 24
#
# $cluster.2
# [1] 6 56 46 44
#
# $cluster.3
# [1] 1 63 74 4 12
#
# $cluster.4
# [1] 49 112 9 34 4 76 48 18 20 64
#
# $cluster.5
# [1] 14 22 63 47 36 6 40 7 2 4 90 16 20 15 14 18 76 35
#
# $cluster.6
# [1] 1 9 1 8 2 2 51 36 3 212 33 12 88 23
list2
# $cluster.1
# [1] 0.6591487 0.8994453 0.1538042 0.6964092 0.8401874 0.3814041 0.4633218
# [8] 0.7244993
#
# $cluster.2
# [1] 0.8497138 0.5865632 0.1077595 0.6833493
#
# $cluster.3
# [1] 0.3361554 0.6120117 0.0981049 0.5463973 0.3299392
#
# $cluster.4
# [1] 0.66537320 0.92404972 0.03616409 0.20704537 0.40120409 0.68727494
# [7] 0.60326315 0.08871090 0.71780273 0.09714994
#
# $cluster.5
# [1] 0.5926167 0.4155177 0.5230090 0.3620749 0.8698867 0.2490805 0.2775648
# [8] 0.1876079 0.5346257 0.6736455 0.3626760 0.8941776 0.4278336 0.7944475
# [15] 0.6687182 0.0171974 0.2931373 0.3987727
#
# $cluster.6
# [1] 0.3222530 0.1097813 0.3014139 0.9999900 0.5232969 0.4544731 0.4342567
# [8] 0.9999900 0.5435826 0.1937477 0.1713069 0.7474790 0.1683223 0.8814443
list3[1:2]
# $`1`
# [1] 0.2977049 0.3080035 0.3445133 0.2938342 0.3630210 0.3037416 0.2841442
# [8] 0.2777617 0.3366143 0.3121525 0.2460582 0.3229141 0.3283752 0.4038269
# [15] 0.3220467 0.3059212 0.2960296 0.3747395 0.3228451 0.2894994 0.3609505
# [22] 0.3447814 0.2993272 0.3088115 0.3255970
#
# $`2`
# [1] 0.21775479 0.98620413 0.25035841 0.31131319 0.48057769 0.98633571
# [7] 0.20208590 0.39117415 0.55579118 0.23737710 0.37548844 0.20139280
# [13] 0.49689904 0.34500830 0.19796570 0.45113871 0.20210998 0.51241253
# [19] 0.49254870 0.50922946 0.20125218 0.21230656 0.23612062 0.13508699
# [25] 0.48944306
的list3
是基于前两个列表,即,的list1
第一元件是具有list2
第一元件的p值相关联的数字。因此,list3
包括对应于相同编号的所有pvalues,例如编号为2的所有pvalues。直到现在,我有兴趣构建一个矩阵列表,其中list1
的元素被取代元素来自list3
用相同的数字。我的命令来做到这一点是:
list4 <- lapply(list1, function(x) sapply(x, function(i, l)
sample(l[[as.character(i)]], 10, replace=T), l=list3))
而这个命令给了我这种输出的
list4[[2]]
# [,1] [,2] [,3] [,4]
# [1,] 0.7983852 0.29404183 0.2416229 0.3018420
# [2,] 0.7398054 0.41266109 0.9253389 0.3249007
# [3,] 0.1150981 0.24138907 0.4040050 0.8335943
# [4,] 0.4564887 0.28336511 0.2520307 0.5460348
# [5,] 0.2810911 0.92870457 0.6865136 0.4851188
# [6,] 0.6396584 0.68957506 0.8336891 0.1355544
# [7,] 0.3365557 0.01609222 0.2504679 0.1974983
# [8,] 0.2307067 0.99999000 0.8328432 0.6538944
# [9,] 0.9999900 0.84980684 0.5590235 0.2566799
# [10,] 0.5791690 0.27672559 0.3584696 0.8335943
不过,现在我想建立每个群集的排列,但避免品尝的p值集群在list3
。因此,作为示例,对于list1['cluster.1]
,我想从list3
中删除list2['cluster.1']
中的pvalues,对于list1
中的其余集群也是如此。
任何帮助将不胜感激。
非常感谢
UPDATE,
发表意见之后我会更新过程中得到这些名单和最后的愿望输出。这些列表来自同〜17000行3列的data.frame,和示例如下:
head(pvals)
# gene pval mac
#1 A1CF 0.896076585 26
#2 ABCC2 0.376808322 571
#3 ABI1 0.048601644 27
#4 ABLIM1 0.729589080 63
#5 ACADSB 0.001609905 50
#6 ACBD5 0.446628090 11
的list3
来自柱MAC的分裂在pvals
data.frame:
split.mac = split(pvals, pvals[,3])
mac.pval = lapply(split.mac, '[[', 2)
pvals.order <- pvals[order(pvals$mac),]
然后,我生成包含每个元素的至少100个基因
l3 <- list()
ll1 <- length(mac.pval)
length(l3) <- ll1
set.seed(4)
for (i in 1:ll1) {
vec1 <- mac.pval[[i]]
jl <- 1; jr <- 1;
while (length(vec1) < 100) {
if(i==1 || i-jl==0) {
vec1 <- c(vec1, mac.pval[[i+jr]])
jr <- jr+1
} else if (i==ll1 || jr+i==ll1) {
vec1 <- c(vec1, mac.pval[[i-jl]])
jl <- jl+1
} else {
vec1 <- c(vec1, mac.pval[[i-jl]], mac.pval[[i+jr]])
jl <- jl+1
jr <- jr+1
}
}
l3[[i]] <- vec1
}
names(l3) <- names(mac.pval)
list3 <- l3
clusters <- strsplit(readLines("clusters.txt"), "\t") # the output is a list with gene names
然后,list1
和“list2中列表pvalues` data.frame
list2 <- lapply(clusters, function(x) {
pvals[match(as.character(unlist(x)), as.character(pvals[[1]])), 2]
}) # the output is a list with the `mac` column of `pvals`
list1 <- lapply(clusters, function(x) {
pvals[match(as.character(unlist(x)), as.character(pvals[[1]])), 3]
}) # the output is a list with the `pval` column of `pvals`
最后,使用list3
和list1
我获得具有排列为行和列的该群集中的元素数的数的列表(list4
)。到目前为止,我对整个基因组采样的兴趣相同,但是现在我想从每个采样中去除该采样的集群对应的p值。 我已经用于置换的功能是这样的:
list4 <- lapply(list1, function(x) sapply(x, function(i, l) {
sample(l[[as.character(i)]], 10, replace=T)
}, l=list3))
希望本次更新的帮助得到答案,
非常感谢
你可以'输入()'你的列表,也许扩展你的描述你想要的结果吗? – vpipkt 2014-10-31 14:46:17
On @vpipkt您可以发布生成这些列表的过程 – miles2know 2014-11-01 00:06:48
我的数据@vpipkt非常庞大,list1是一个2418列表,其中包含元素数量变量(min = 3 max = 147),在我的情况下,list4必须是列表1和列2中的元素数量为10,000行和列的数据帧的列表,即,如果list1 [[2]]具有4个元素,list3 [[1]]将具有10,000行和4列的暗淡度 – user2380782 2014-11-01 21:00:47