匹配模式和打印后续行

有200个文件名为File1_0.pdb，File1_60.pdb等....它看起来像：匹配模式和打印后续行

ATOM  1 N VAL  1  8.897 -21.545 -7.276 1.00 0.00 
ATOM  2 H1 VAL  1  9.692 -22.015 -6.868 1.00 0.00 
ATOM  3 H2 VAL  1  9.228 -20.766 -7.827 1.00 0.00 
ATOM  4 H3 VAL  1  8.289 -22.236 -7.693 1.00 0.00 
TER 
ATOM  5 CA VAL  1  8.124 -20.953 -6.203 1.00 0.00 
ATOM  6 HA VAL  1  8.072 -19.874 -6.345 1.00 0.00 
ATOM  7 CB VAL  1  6.693 -21.515 -6.176 1.00 0.00 
ATOM  8 HB VAL  1  6.522 -22.024 -5.227 1.00 0.00 
ATOM  9 CG1 VAL  1  5.684 -20.370 -6.330 1.00 0.00 
ATOM  10 1HG1 VAL  1  5.854 -19.861 -7.279 1.00 0.00

我要提取TER后的部分，放在一个不同的文件...这必须在所有200个文件上完成。我做了类似sed '1,/TER/d' File1_0.pdb > 1_0.pdb。但是，这将一次为一个文件工作...可以有一个解决方案的所有200个文件一次性...输出文件被命名为相同只有“文件”从名称中删除...

来源

2011-11-10 kanika

for i in *.pdb; do sed '1,/TER/d' $i > ${i/File/}; done

来源

2011-11-10 07:16:30 deejayy

+1。更好的是，对于我在{0..199}中; do sed'1，/ TER/d'File1_ $ i.pdb> 1_ $ i.pdb;完成“ - 这将允许它运行多次并在必要时进行调整。（使用'* .pdb'会错误地捕获先前运行的输出文件。） – ruakh

将“* .pdb”替换为“File * .pdb”，并且问题得到解决。我认为，“200文件”只是一个cca的例子，在所有情况下都不是确切的数字。 – deejayy

这可能工作：

seq 0 200| xargs -i -n1 cp File1_{}.pdb 1_{}.pbd # backup files 
sed -si '1,/TER/d' 1_{0..200}.pdb    # edit files separately inline

来源

2011-11-10 10:08:27 potong

匹配模式和打印后续行

回答

相关问题