R实例失败+ RODBC

Question

快速问题：我正在使用RODBC连接以批处理模式并行运行多个R实例，并且随机出现一个（或多个）实例失败。如果我回去逐个运行实例，它们都是成功的。日志中没有错误，我只是试图推断问题来自哪里。我的主要假设是，我打到内存堆顶部，实例失败，或者（更可能）RODCB连接出现某种时间。有什么建议么？

感谢，

吉姆

Answer 1

目前尚不清楚为什么没有错误显示，或许你可以尝试options(error = recover)

经常拿下面的错误使用多个数据库连接时：

Error in mysqlExecStatement(conn, statement, ...) : 
    RS-DBI driver: (connection with pending rows, close resultSet before continuing) 

我通过发出以下行来关闭所有打开的连接，然后发出新的查询来避免此错误：

lapply(dbListConnections(MySQL()), dbDisconnect) 

我把这段代码从R help list。

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更新：我的合作者之一创建了一个suite of functions便于数据库的交互，包括db.con，db.open，db.close和db.query，可以像使用：

## load functions 
source("https://raw.github.com/PecanProject/pecan/master/db/R/utils.R") 

## example 
params <- list(dbname = "mydb", username = "myname", password = "!#@?$") 
con <- db.open(params) 
mydata <- db.query("select * from mytable;") 
db.close(con)