安装Stan for R时和使用Rcpp时编译时出错

我需要为数据分析类安装Rstan。说明在这里发布http://code.google.com/p/stan/wiki/RStanGettingStarted。我正在运行Mac OS 10.5.8和R 2.15.1 GUI 1.52 Leopard build 32位（6188）。我刚刚安装了Xcode版本3.1.4，与豹兼容的Xcode C++编译器（我必须得到一个mac开发人员帐户来执行此操作）。安装Stan for R时和使用Rcpp时编译时出错

每斯坦安装指导，我进入了下面的代码，看看我的编译器工作：

library(inline) 
library(Rcpp) 
src <- ' 
    std::vector<std::string> s; 
    s.push_back("hello"); 
    s.push_back("world"); 
    return Rcpp::wrap(s); 
' 
hellofun <- cxxfunction(body = src, includes = '', plugin = 'Rcpp', verbose = FALSE) 
cat(hellofun(), '\n')

它返回以下错误：

Error in compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) : 
Compilation ERROR, function(s)/method(s) not created! 
Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/ 
Rcpp/include/Rcpp/internal/export.h: In function ‘void 
Rcpp::internal::export_range__dispatch(SEXPREC*, InputIterator, 
Rcpp::traits::r_type_primitive_tag)’: 
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/ 
library/Rcpp/include/Rcpp/internal/export.h:56: internal 
compiler error: Bus error 
Please submit a full bug report, 
with preprocessed source if appropriate. 
See <URL:http://developer.apple.com/bugreporter> for 
instructions. 
make: *** [file795214e66510.o] Error 1 
In addition: Warning message: 
running command '/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/ 
R CMD SHLIB file795214e66510.cpp 2> 
file795214e66510.cpp.err.txt' had status 1

当我尝试安装斯坦：

install.packages('rstan', type = 'source') ]

我收到此警告：警告消息：在install.packages（“rstan”，type =“source”）中：安装包'rstan'具有非零退出状态

我不知道C++如何工作。我所有的编码经验都在R中，并且以前没有要求编译成C++。过去4个小时左右，我一直在努力弄清楚什么是错误的，一遍又一遍地搜索这些错误信息，没有太多的运气。任何帮助将不胜感激，并且还会帮助我班的另外10名有相同或类似问题的其他学生。非常非常感谢你。

来源

2012-10-05 tom field

你不提你安装的C++编译器，RCPP的版本，和你不提安装推荐的FORTRAN编译器，无论是。我不再运行10.5.8并已升级到10.6.8的XCode包。在这个环境下，使用Rcpp版本：0.9.14，代码无误地运行。通常，这些问题最好提交给Mac-SIG邮件列表，尽管Simon Urbanel偶尔会在SO中看到。 –

我提到我使用的C++编译器是Xcode 3.1.4。 Rcpp版本是今天的最新版本。我对推荐的FORTRAN编译器一无所知，所以想知道更多。 –

OS X上的Rcpp用户遇到了麻烦，因为苹果公司和FSF争夺海湾合作委员会版权的混乱局面---但是Rcpp本身的工作原理与CRAN测试一样。您可能“简单地”需要通过他的站点安装Simon为OS X和R提供的编译器。至于斯坦，开发者并没有完全掌握详细信息，所以我将不得不引导你到与斯坦有关的所有方面。 –

这对我来说就像是安装C++编译器或安装Rcpp软件包的问题，而不是rstan软件包的问题。但是，如果G ++是造成你一个棘手的问题，另一种是铛编译器，它应与RCPP和rstan如果你创建$ HOME/.R/Makevars与这两条线

CC工作=铛

CXX =铛++

来源

2012-10-21 10:43:32

正如在另一个答案中提到的，第一步是让Rcpp在你的Mac上工作（即，至少通过hello world示例）。

为RCPP以前类似的问题： https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mac/2010-July/007574.html

另外，从这个网页http://useyourloaf.com/blog/2011/03/21/compiler-options-in-xcode-gcc-or-llvm.html，似乎GCC 4.2和4.0都是在Xcode 3.14（不知道，因为它并没有说这是3.14）。因此，尽量确保R使用gcc 4.2.1是非常重要的。在终端中执行以下内容将显示gcc的当前版本。

$ G ++ -v

来源

2012-10-22 21:05:25

安装Stan for R时和使用Rcpp时编译时出错

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