2016-10-01 46 views
0

我试图在运行LinuxMint 17.1的64位Intel PC上安装R版本3.3.1的软件包'RcppEigen',我明白就R来说,它基本上和Ubuntu可信任的一样。在“加载”阶段安装总是失败。当我尝试安装包'lme4'时,我收到了相同的错误,这是我真正想要的包。 RcppEigen是依赖项,lme4安装失败。R在linuxmint(Ubuntu)下无法在加载阶段安装软件包

错误消息说它找不到包'lapack'和'blas'。我做了一些搜索,发现一些线索表示我应该设置一些符号链接到丢失的文件,或者将它们复制到某个地方,但是我不清楚这些文件是哪些文件,除了它们可能有'lapack'和'blas'在他们的名字中。

这是我从R命令行发出的命令。

install.packages( 'RcppEigen')

这里是输出,与错误信息:

Installing package into ‘/home/andrew/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/RcppEigen_0.3.2.9.0.tar.gz' 
Content type 'unknown' length 1209128 bytes (1.2 MB) 
================================================== 
downloaded 1.2 MB 

* installing *source* package ‘RcppEigen’ ... 
** package ‘RcppEigen’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
** libs 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I"/home/andrew/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/Rcpp/include" -I../inst/include -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c RcppEigen.cpp -o RcppEigen.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I"/home/andrew/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/Rcpp/include" -I../inst/include -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I"/home/andrew/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/Rcpp/include" -I../inst/include -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c fastLm.cpp -o fastLm.o 
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o RcppEigen.so RcppEigen.o RcppExports.o fastLm.o -llapack -lblas -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR 

<HERE COME THE ERROR MESSAGES. THIS BRACKET MANUALLY INSERTED BY Andrew> 

/usr/bin/ld: cannot find -llapack 
/usr/bin/ld: cannot find -lblas 
collect2: error: ld returned 1 exit status 
make: *** [RcppEigen.so] Error 1 
ERROR: compilation failed for package ‘RcppEigen’ 
* removing ‘/home/andrew/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/RcppEigen’ 
Warning in install.packages : 
    installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit status 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpI463VA/downloaded_packages’ 

我会的任何建议任何人都可以做出非常感谢如何使这个安装工作​​。

谢谢

这里是我的系统信息

platform  x86_64-pc-linux-gnu   
arch   x86_64      
os    linux-gnu     
system   x86_64, linux-gnu   
status          
major   3       
minor   3.1       
year   2016      
month   06       
day   21       
svn rev  70800      
language  R       
version.string R version 3.3.1 (2016-06-21) 
nickname  Bug in Your Hair 

回答

3

简述:

  1. 您可以安装RcppEigen为二进制:sudo apt-get install r-cran-rcppeigen。有几百个核心CRAN包...

  2. 错误消息cannot find -llapackcannot find -lblas表示你有运行时环境而开发头/包。最简单的修复方法:执行sudo install r-base-dev并重试。

两种方法都应该有效。如果其他所有人都不愿意考虑进入r-sig-debian列表,寻求关于基于Debian系统的R的帮助。

+0

非常感谢Dirk。昨天我一直在摆弄这个小时,包括升级R(这是一个令人头痛的问题,让它自己完成)以及从网络上获得的解决方案无效。你的建议(我使用了1)在一个快速命令行指令中解决了它。我很感激。 –

+0

很高兴听到这个消息。安装R本身也很轻松(如果你可以运行Ubuntu的二进制文件)。我在工作和家中运行多台机器 - 而apt-get从CRAN镜像中提供当前的二进制文件,请参阅https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/ –

+0

哦,并且执行2)以及。你几乎必须拥有'r-base-dev'包来确保所需的依赖关系。 –