比较两个文件并在匹配后用一些行打印匹配行

我有两个文件file1.txt和file2.txt。比较两个文件并在匹配后用一些行打印匹配行

FILE1.TXT

DS496218 40654 42783 
DS496218 40654 42783 
DS496218 40654 42783

FILE2.TXT

### 
DS496108 ena gene 99942 102567 . -  
DS496128 ena mRNA 99942 102567 . -  
DS496118 ena three_prime_UTR 99942 100571 
### 
DS496218 ena gene 40654 42783 . -  
DS496108 ena mRNA 99942 102567 . -  
DS496108 ena three_prime_UTR 99942 100571  
### 
DS496128 ena gene 99942 102567 . -  
DS496133 ena mRNA 99942 102567 . -  
DS496139 ena three_prime_UTR 99942 100571 
###

我想匹配用1,4-柱和FILE2.TXT第5列1,2和FILE1.TXT的3。如果匹配，则打印匹配行，直到###，但不打印###。我在

awk -F'\t' 'NR==FNR{c[$1$2$3]++;next};c[$1$4$5] > 0' file1.txt file2.txt > out.txt.

来源

2017-02-17 Jesvin Joy

尝试使用“中”选项。即：$ 1 $ 4 $ 5在c {do stuff here} – grail

用'awk'尝试NR == FNR {c [$ 1 $ 2 $ 3] ++;下一步} $ 1 $ 4 $ 5在c'file1.txt RS =“###”file2.txt' –

[编辑]你的问题包括给定输入的预期输出。 @JoseRicardoBustosM。否，不要连接字段来创建密钥字符串，除非您有一个非常具体的目标，因为这会产生错误的匹配 - 请考虑'a bc' - >'abc'和'ab c' - >'abc'。同时将RS设置为多个字符会使脚本不必要地特定于gawk，并且会在匹配之前以及之后打印行。 –

使用“awk”命令试了一下没有看到你预期的输出是一个猜测，但它听起来像这是你想要的东西：

awk ' 
NR==FNR { a[$1,$2,$3]; next } 
($1,$4,$5) in a { found=1 } 
/^###/ { found=0 } 
found 
' file1 file2

来源

2017-02-17 18:32:31

它的工作。谢谢 –

比较两个文件并在匹配后用一些行打印匹配行

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