从HDF5文件读取单个元素

您能否给我提供一个使用HDF5DotNet库从HDF5文件中读取单个元素的示例。我知道如何将完整的数组读入内存并按索引选择必要的元素。这个问题我不想读全数组，并且想使用H5S.selectElements方法（http://hdf5.net/api/M_HDF5DotNet_H5S_selectElements_4_9e6f2387.aspx）。
到目前为止我已经创建了以下内容：从HDF5文件读取单个元素

H5.Open(); 
H5FileId fileId = H5F.open(this.filePath, H5F.OpenMode.ACC_RDONLY); 
var dSet = H5D.open(fileId, "/Link"); 
var dSpace = H5D.getSpace(dSet); 
var dDims = H5S.getSimpleExtentDims(dSpace); 
var dType = H5D.getType(dSet); 

H5S.selectElements(dSpace, H5S.SelectOperator.SET, InpPtr numElements,long [] coord);

我不能找出如何定义的元素的参数包含numElements和坐标（我有3维阵列）。

来源

2017-02-08 Vitali Molchan

使用HDF5 support doc

假设你的数据集如下：（2D为了简单解释参数的工作）

1 2 3 
4 5 6 
7 8 9

而且你想选择，只有。这意味着你想要一个元素位于第二行和第三列。（一个索引）。

这意味着您将需要选择阵列中的1乘1的点数组。（零索引）。

1 2

如果您还想选择7，那么选择数组将如下所示。（零索引）。

1 2 2 0

的相关电话是：

H5S.selectElements(dSpace, H5S.SelectOperator.SET, 1, new long [] { 1, 2 }); 
H5S.selectElements(dSpace, H5S.SelectOperator.SET, 2, new long [] { 1, 2, 2, 0 });

翻译成3D数据空间，我们只是增加一个额外的价值来选择阵列。

即：

1 2 0

会选择点（2,3,1）

如果你想选择第二值，则选择阵列是这样的。（零索引）。

1 2 0 1 2 1

将选择点（2,3,1），（2,3,2）。

的相关电话是：

H5S.selectElements(dSpace, H5S.SelectOperator.SET, 1, new long [] { 1, 2, 0 }); 
H5S.selectElements(dSpace, H5S.SelectOperator.SET, 2, new long [] { 1, 2, 0, 1, 2, 1 });

注意：那我从来没有使用HDF5，描述基于文档调用，因此有可能是错误的。

来源

2017-02-08 16:16:58

感谢您的回答。 –

我的快乐。另外，您可能需要注意您使用的方法的优缺点。 –

我发现了另一种解决问题的方法 - 使用H5S.selectHyperslab方法。也许它不是很优雅，但它似乎工作正常。

H5.Open(); 
H5FileId fileId = H5F.open(this.filePath, H5F.OpenMode.ACC_RDONLY); 
var dSet = H5D.open(fileId, "/Link"); 
var dSpace = H5D.getSpace(dSet); 
var dDims = H5S.getSimpleExtentDims(dSpace); 
var dType = H5D.getType(dSet); 
//E.g. to extract the value with coordinates [0,1,0]: 
H5DataSpaceId memspaceid = H5S.create_simple(1, new long[] { 1, 1, 1 }); 
H5S.selectHyperslab(memspaceid, H5S.SelectOperator.SET, new long[] { 0, 1, 0 }, new long[] { 1, 1, 1 }); 
H5S.selectHyperslab(dSpace, H5S.SelectOperator.SET, new long[] { 0, 1, 0 }, new long[] { 1, 1, 1 }); 

//array to read data 
double[] readDataBank = new double[1]; 
H5DataTypeId typeId = new H5DataTypeId(H5T.H5Type.NATIVE_DOUBLE); 
H5D.read(dSet, dType, memspaceid, dSpace,new H5PropertyListId(new H5P.Template()), new H5Array<double>(readDataBank));

来源

2017-02-09 09:37:53

在C＃使用HDFql，读取三维数据集的一个特定元件可以做如下（假设数据集被称为my_dataset和读取元件是在位置2,3和5第一，第二和第三分别尺寸）：

HDFql.Execute("SELECT FROM my_dataset(2, 3, 5)");

从那里，可以检索通过执行以下操作的元件（假设my_dataset是数据类型整数）：

HDFql.CursorFirst(); 
System.Console.WriteLine("Element is " + HDFql.CursorGetInt());

来源

2018-01-05 20:56:43 SOG

从HDF5文件读取单个元素

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