将输出附加到文件时出现奇怪的错误

我在追加到bash中的文件时出现了一个奇怪的错误，即使我告诉它要追加文本，文本也会被删除。将输出附加到文件时出现奇怪的错误

我有一个bash脚本，我做了以下

echo "Run program" > foo.txt 
./fortran_program >> foo.txt

程序fortran_program（它的一个精简版，让相同的结果）是：

program main 
write(*,*) 'A' 
write(*,*) 'B' 
end program

这应该给执行后，我在foo.txt中执行Run program AB。但是，我发现Run B，因此原始文本已被覆盖，并且不包括A。

我做strace -f ./script，发现下面的输出，看起来相关：

... 
[pid 36681] open("foo.txt", O_WRONLY|O_CREAT|O_APPEND, 0666) = 3 
[pid 36681] dup2(3, 1)     = 1 
[pid 36681] close(3)     = 0 
... 
[pid 34260] write(1, " A\n", 3)   = 3 
[pid 34260] lseek(1, 0, SEEK_CUR)  = 3 
[pid 34260] ftruncate(1, 3)    = 0 
[pid 34260] write(1, " B\n", 3)   = 3 
...

从我有限的这种理解似乎A被写入文件，然后lseek叫这使该文件只有3个字符长（与我尝试写入的第一个字符串长度相同），然后ftruncate将其截尾为3个字符（即Run），然后将B写入文件。

在C以下程序（echo "Run program" > foo.txt; ./c_program）抄录所以现在看来，这不只是FORTRAN相关（虽然只有ifort编译的代码提供上述错误）

#include<unistd.h> 
#include<sys/types.h> 
#include<sys/stat.h> 
#include<fcntl.h> 

int main(){ 
    int n, f; 
    f = open("foo.txt", O_WRONLY | O_CREAT | O_APPEND, 0666); 
    write(f," A\n",3); 
    n = lseek(f,0,SEEK_CUR); 
    ftruncate(f,n); 
    write(f," B\n",3); 
}

奇怪的是，我在运行时的行为在我的笔记本电脑上面的代码它做预期的事情，并给我Run Program AB所以看起来合乎逻辑，lseek导致我使用的集群上的问题，但我知道一点（我不知道如何解决它），所以我这是在这里问的。

为什么会发生这种情况，最重要的是：有没有办法解决这个问题？

这是很烦人的，因为为了避免它，我需要做一个临时文件和管道从运行到这个输出，然后condencate与临时文件的原始文件后，以获得所需的输出foo.txt。

系统规格在那里我有问题：

ifort 14.0.2 20140120 
gcc 4.4.7 20120313 
Linux cluster 2.6.32-431.29.2.el6.x86_64 #1 SMP Sun Jul 27 15:55:46 EDT 2014 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

，并在那里的工作

gcc 4.8.5 
Darwin laptop 13.4.0 Darwin Kernel Version 13.4.0: Sun Aug 17 19:50:11 PDT 2014; root:xnu-2422.115.4~1/RELEASE_X86_64 x86_64

来源

2015-10-26 Winther

我添加了来自strace的一些输出更多，如果是相关的：

如果要抑制这种行为，你正在寻找这可能是一个有点接近。我不知道要找什么（除了显而易见的），所以请让我知道如果我应该包括所有这些。 – Winther

是否将LD_PRELOAD环境变量设置为集群上的某些内容？这可能是您使用重新定义的lseek函数。 –

这可能是一个延迟相关的问题。如果你在echo和bash脚本的运行之间放置一个睡眠（10秒或者愚蠢的大的东西）会怎么样？ – Ross

我的Fortran语言是很生疏，但我认为，在默认情况下Fortran语言把每个write作为一个单独的记录，这是导致新的线（和寻找？ - 这似乎也是我的错误）。

program main 
write(*,100, advance='no') 'A' 
write(*,100, advance='no') 'B' 
100 format (A) 
end program

来源

2015-10-27 01:08:59

感谢您的回答。我添加的代码只是一个重现错误的例子。我在运行的代码中有数百次写入，并且希望以日志文件的形式存储，因此对于我来说，更改所有代码不是一个好的选择。无论如何，我尝试了你的修复，现在追加的'Run program'变成了'Ru'。 strace显示它在“AB”（'write（1，“AB”，2）'）上合并，但在它仍然调用'lseek（1，0，SEEK_CUR）'和'ftruncate'之后。 – Winther

将输出附加到文件时出现奇怪的错误

回答

相关问题