从嵌套列表创建.graphml树图

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我拼命寻找解决方案来创建一个不错的二叉树图。不完整的节点具有可区分的边缘（如果有的话）是至关重要的。从嵌套列表创建.graphml树图

我无法用.dot产生所需的结果，因为我知道无法排序节点。我不介意将文件导入yEd或其他编辑器。但是，我希望能够用很少的语法很容易地生成数据。

我想要的是一种工具，它可以生成例如例如（A（B1 C1 C2）B2）这样的简单数据的.graphml格式，其中A是根标签，B1是根的左边孩子和另外两个孩子。与.dot或.tgf类似的复杂性当然是可以忍受的，但我想避免编写一个编译器来生成.graphml。

任何想法赞赏。

马库斯R.

来源

2012-05-05 Markus Rother

这是什么意思_This只适用于.dot空节点_？ – marapet

也就是说，我必须使用不可见的虚拟节点（叶子）来指引边缘。 –

在可视化图形中，为什么要避免使用虚拟节点？ – parselmouth

您提供的数据是更多或更少的s-expression。鉴于这是你想要获取的格式，pyparsing（一个Python模块）有一个s-expression parser。

您还需要一个图库。我的大部分工作都使用networkx。随着pyparsing s表达式解析器和networkx，下面的代码提取数据，并创建一个树作为一个有向图：

import networkx as nx 

def build(g, X): 
    if isinstance(X, list): 
     parent = X[0] 
     g.add_node(parent) 
     for branch in X[1:]: 
      child = build(g, branch) 
      g.add_edge(parent, child) 

     return parent 

    if isinstance(X, basestring): 
     g.add_node(X) 
     return X 

#-- The sexp parser is constructed by the code example at... 
#-- http://http://pyparsing.wikispaces.com/file/view/sexpParser.py 
sexpr = sexp.parseString("(A (B1 C1 C2) B2)", parseAll = True) 

#-- Get the parsing results as a list of component lists. 
nested = sexpr.asList() 

#-- Construct an empty digraph. 
dig = nx.DiGraph() 

#-- build the tree 
for component in nested: 
    build(dig, component) 

#-- Write out the tree as a graphml file. 
nx.write_graphml(dig, 'tree.graphml', prettyprint = True)

为了验证这一点，我也写了树作为.DOT文件，并使用graphviz的创建下面的图片：

(graphviz output of tree)

networkx是一个很好的图形库，你可以写走到你的树，如果需要额外的元数据标记边缘或节点，额外的代码。

来源

2012-05-09 18:44:08 parselmouth

谢谢。我不知道networkx库。但是，结果并不是我所需要的。在你的例子中，如果你删除，让我们说C2，然后在生成的新图像，你将有一条从B1到C1的垂直线，因此不再有任何迹象表明C1是一个正确的孩子（和B1没有离开孩子）。我需要的是一张图片，它维持着这个结构。无论如何，解析器都非常有用。 –

@MarkusRother如果“（A（B1 C1 C2）B2）”描述了当前的树，那么在C2被删除的情况下，您能否提供类似的嵌套结构？如果新的嵌套结构被表示为“（A（B1 C1）B2）” - 我们如何区分C1是B1的正确孩子而不是左侧孩子？ – parselmouth

@MarkusRother通过阅读您以前的评论，“垂直”这个词很突出，并且结合您对“无形虚拟节点（叶子）引导边缘”问题的评论，是您的问题的根本之一，嵌套结构，还是（可能）不完整的树的布局和可视化？ – parselmouth

从嵌套列表创建.graphml树图

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