索引错误，而执行python

我是一个初学者在python，目前正在执行一段代码，但它会引发以下错误。我尽我所能解决但无法做到这一点。请帮帮我。代码如下。索引错误，而执行python

continue 
    num_snps_skipped += 1 
    samp_id = sline[id_index] 
    ref_allele = sline[ref_allele_index] 
    tum_allele = sline[tum_allele_index] 
    snp = ref_allele + tum_allele 
    if not snp in transitions: 
     snp = nucleotide_complement[ref_allele] + nucleotide_complement[tum_allele] 
    ref_trinuc = sline[ref_tri_index] 
    if ref_trinuc == "NA": 
     print "Warning: Reference allele not available on "+\ 
       "line %d; skipping line"%line_number 
     continue 
    if not ref_trinuc[1] == snp[0]: 
     print "Warning: Reference allele does not match reference "+\ 
       "trinucleotide; skipping line %d"%line_number** 
     continue 
    snp_with_ctx = ref_trinuc[0] + snp + ref_trinuc[2] 
    if not samp_id in signatures: 
     signatures[samp_id] = [0 for i in substitution_order] 
    if snp_with_ctx not in substitution_order: 
     print "Warning: substitution on line " + \ 
       "%d is %s, not "%(line_number,snp_with_ctx) + \ 
       "found among possible substitutions. Skipping line."

我得到的错误如下

Traceback (most recent call last): 
    File "main.py", line 59, in <module> 
    signatures = signature.make(args.in_file, substitution_order=stratton['substitution_order'], out_path = args.spectrum_output) 
    File "/home/ateeqanees/Mutation/centos/mutation-signatures-master/signature.py", line 73, in make 
    if not ref_trinuc[1] == snp[0]: 
IndexError: string index out of range

请帮助我。这将有很大的帮助。

非常感谢！ Dav

来源

2017-07-28 David

尝试'打印'ref_trinuc'和'snp'，其中一个没有你期待的那么长。 – AChampion

这意味着你正试图访问一个不存在的列表元素。如上所述，打印该值或了解python调试器pdb。您可以通过将pdb.set_trace放在您的第73行和步骤来检查值。 – user1427026

很可能你的ref_trinuc字符串有一个或零个字符。这就是为什么if not ref_trinuc[1] == snp[0]:提供索引错误，因为它试图抓住第二个字符。

在该行之前，请尝试打印ref_trinuc以查看它的含义。

如果是正常的ref_trinuc有时短于2个字符，尝试这个if语句：

if (len(ref_trinuc) > 1) and (not ref_trinuc[1] == snp[0]):

由于如果长度是1或0，在这种情况下，第二半不会企图并且不会引发索引错误。

来源

2017-07-28 02:38:58

索引错误，而执行python

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