R - 矢量化哪一个操作

嗨我有一个R函数，我试图优化性能。我需要矢量化for循环。我的问题是稍微复杂的数据结构以及我需要使用'which'命令执行查找的方式。假设我们处理5个元素（1,2,3,4,5），10x2矩阵对是所有唯一对的组合，即5个元素（即（1,2），（1,3）），（1,4）....（4,5））。 all_prods是一个10x1的矩阵，我需要使用这些对来查找，同时遍历所有5个元素。R - 矢量化哪一个操作

因此，对于1，我需要从all_prods等1,2,3,4,4（1,2,3,4和1,5对）中索引1,2,3,4和1,2,3行， 5.

我最近才从matlab切换到R，所以非常感谢任何帮助。

foo <- function(AA , BB , CC){ 
    pa <- AA*CC; 
    pairs <- t(combn(seq_len(length(AA)),2)); 

    all_prods <- pa[pairs[,1]] * pa[pairs[,2]]; 

    result <- matrix(0,1,length(AA)); 

    # WANT TO VECTORIZE THIS BLOCK 
    for(st in seq(from=1,to=length(AA))){ 
     result[st] <- sum(all_prods[c(which(pairs[,1]==st), which(pairs[,2]==st))])*BB[st]; 
    } 
    return(result); 
} 
AA <- seq(from=1,to=5); BB<-seq(from=11,to=15); CC<-seq(from=21,to=25); 
results <- foo(AA,BB,CC); 

#final results is [7715 164208 256542 348096 431250]

我想将for循环转换为矢量化版本。我不想循环遍历每一个元素st，我想在一个命令中给出结果向量（而不是逐个元素地构建它）。

在此先感谢。

来源

2012-06-26 user1480926

我建议你提供一些样本数据来玩。看到http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example –

我不知道这是你的瓶颈。你预先分配一个好的矩阵，但combn和t很贪婪。你有没有尝试分析你的代码？ –

我想将for循环转换为矢量化版本。我不想循环遍历每个元素st，而是希望在一个命令中完成它，这个命令为我提供了一个结果向量（而不是逐个构建它）。我没有做出更明确的道歉。我已更新该帖子。 – user1480926

你可以写你的函数是这样的：

foo <- function(AA, BB, CC) { 
    pa <- AA*CC 
    x <- outer(pa, pa) 
    diag(x) <- 0 
    res <- colSums(x)*BB 
    return(res) 
}

的核心思想是不打破对称。您使用订购的pairs对应于我的矩阵x的右上角三角形。尽管这似乎只是计算值的一半，但句法和计算开销却变得相当大。你区分st是第一个元素与第二个元素的区别。后来这会导致摆脱这种区别的困难。拥有完全对称矩阵，您不必担心顺序，并且顺利矢量化。

来源

2012-06-26 10:35:20 MvG

谢谢MvG这是一个很棒的概念课！ – user1480926

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