生成文件：有3种输入产生一个输出

Question

我有这个版本的makefile [sbsuser@compute-00-01 415]$ make --version GNU Make 3.81

我有，我有3个文件目录躯体。我只想生成一个输出。这是我写的。

`

OUTSOMATIC=SOMATIC 
FINAL=FINAL 
INPUT=$(wildcard $(OUTSOMATIC)/*.vcf) 
OUTSORT2= $(patsubst $(OUTSOMATIC)/%.vcf,$(FINAL)/%somatic.ensemble.gz,$(INPUT)) 
$(info lista $(OUTSORT2)) 
$(info lista $(INPUT)) 
.PHONY: all 
all: $(INPUT) $(OUTSOMATIC) $(OUTSORT2) $(FINAL) 
$(FINAL)/%somatic.ensemble.gz: $(OUTSOMATIC)/%.vcf $(INPUT) 
    ~/jdk1.8.0_121/bin/java -XX:+UseSerialGC -Xms1g -Xmx10g -jar /illumina/software/PROG2/bcbio-variation-recall-0.1.7 ensemble -n 1 $(FINAL)/somatic_ensemble.gz /illumina/software/database/database_2016/hg19_primary.fa $^ 

`

有了这个脚本做3次相同的文件。我不明白如何从输入列表中只创建一个输出以便在同一时间使用。 这样做的最好方法是什么？ 如果我改变$(FINAL)/%somatic.ensemble.gz：$(FINAL)/somatic.ensemble.gz我有这个错误：

make: *** No rule to make target FINAL/415_merge_mutect2.somaticsomatic.ensemble.gz', needed by all'。停止'

Answer 1

您可能应该查看GNU make手册介绍部分，在这些章节中他们描述了工作原理。我们来看看你的makefile;首先你定义一些变量。假设您有文件SOMATIC/foo.vcf,SOMATIC/bar.vcf和SOMATIC/baz.vcf。然后，你创建的变量将是这些值，他们是扩大后：

OUTSOMATIC = SOMATIC 
FINAL = FINAL 
INPUT = SOMATIC/foo.vcf SOMATIC/bar.vcf SOMATIC/baz.vcf 

现在你patsubst发现在INPUT匹配模式SOMATIC/%.vcf并更换与FINAL/%somatic.ensemble.gz，其中一部分在该%匹配所有单词输入代入输出：

OUTSORT2 = FINAL/foosomatic.ensemble.gz FINAL/barsomatic.ensemble.gz FINAL/bazsomatic.ensemble.gz 

现在，让我们看看您已经定义了一个all目标。由于它是makefile中的第一个目标，因此这是默认运行的目标。扩建后，它看起来就像这样：

all: SOMATIC/foo.vcf SOMATIC/bar.vcf SOMATIC/baz.vcf SOMATIC FINAL/foosomatic.ensemble.gz FINAL/barsomatic.ensemble.gz FINAL/bazsomatic.ensemble.gz FINAL 

因此，请将尝试建立all目标的每一个先决条件，以确保它是最新的。首先它试图构建SOMATIC/*.vcf文件。这些文件已经存在，并且没有关于如何重建它们的任何规则，所以它假定它们是最新的。

接下来它尝试构建SOMATIC文件。这是一个目录，它也没有规则要建立，所以假设这是最新的。

下一步make尝试构建目标FINAL/foosomatic.ensemble.gz。让不有可以建造它的规则，你已经创建了一个：

$(FINAL)/%somatic.ensemble.gz: $(OUTSOMATIC)/%.vcf $(INPUT) 
     ~/jdk1.8.0_121/bin/java ... 

这符合你想建立的目标，与foo一个%值，所以后来做出的前提代替了%对于foo，发现SOMATIC/foo.vcf存在并且不需要重建，因此它会运行您的配方。然而你的食谱实际上并不创造目标FINAL/foosomatic.ensemble.gz;它会创建目标FINAL/somatic_ensemble.gz。所以这个规则被破坏了，因为它告诉它会做一件事，但它做了其他事情。

您应该始终确保所有食谱都生成由自动变量$@表示的文件;这将确保你和你的规则的含义达成一致。如果你想让你的食谱建立一些其他文件，那么你的规则写错了。

下一步使用下一个先决条件all做同样的事情：FINAL/barsomatic.ensemble.gz。由于该文件不存在，make会尝试使用模式规则来构建它，但同样会创建相同的输出文件。

再次为第三个.gz文件FINAL/bazsomatic.ensemble.gz。这就是为什么事情运行三次。

如果将模式规则更改为明确的规则构建FINAL/somatic.ensemble.gz，这是您想要的，然后使无法找到任何方式来构建all目标的先决条件，因此它会给出此错误。您的问题是创建OUTSORT2。您只想创建一个输出文件，但您已将OUTSORT2设置为包含三个不同的文件，因此make会尝试创建所有三个文件。你想要这个：

OUTSOMATIC = SOMATIC 
FINAL = FINAL 
INPUT = $(wildcard $(OUTSOMATIC)/*.vcf) 
OUTSORT2 = $(FINAL)/somatic.ensemble.gz 

.PHONY: all 
all: $(OUTSORT2) 

$(OUTSORT2): $(INPUT) 
     ~/jdk1.8.0_121/bin/java -XX:+UseSerialGC -Xms1g -Xmx10g -jar /illumina/software/PROG2/bcbio-variation-recall-0.1.7 ensemble -n 1 $@ /illumina/software/database/database_2016/hg19_primary.fa $^