如何在使用“R CMD INSTALL”安装R软件包时安装依赖关系？

我正在开发我的第一个R包（使用R 2.13，Ubuntu 10.10）。让我们把它富，让我们说，在R /目录下的代码开始与线库（栏），其中酒吧是现有的包，在CRAN，其上FOO依赖。我的描述文件包含行：如何在使用“R CMD INSTALL”安装R软件包时安装依赖关系？

Depends: bar

当包富是准备进行测试，我安装在本地使用：

R CMD INSTALL foo_1.0.tar.gz

但是，如果没有安装吧，我看到：

ERROR: dependency ‘bar’ is not available for package ‘foo’

显然，如果我富是使用install.packages（）从CRAN安装，将同时安装。所以我的问题是：如果需要，我如何确保安装CRAN包bar当我使用R CMD INSTALL安装我的包foo？这是一个配置脚本的工作吗？

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2011-08-02 neilfws

其实，重读R附加指导，它没有说的是，R CMD INSTALL将获得依赖从CRAN。 R中的install.packages（）方法可以做到这一点，但乍一看我不认为R CMD INSTALL会这样做。

您可以使用install.packages从是.tar.gz安装，但你必须设置回购= NULL，然后适用：

dependencies: logical indicating to also install uninstalled packages 
      on which these packages depend/suggest/import (and so on 
      recursively). Not used if repos = NULL.

我怀疑我们该做的是让依赖关系不在DESCRIPTION文件中，然后运行R并在干净环境中测试构建时对这些构建install.packages（）。

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2011-08-02 08:36:20 Spacedman

是的，我的理解是DESCRIPTION声明了依赖关系，但不安装它们。并且为tarball设置repos = NULL的问题是依赖包将不会从CRAN中获取。我试图让自己置身于下载和安装我的tarball的用户的脚下;他们是否应该阅读文档和错误消息或者是否有解决方案？ – neilfws

解决方案是让您将软件包放在CRAN上，然后让用户执行install.packages并获得依赖关系。我想可能有一些原因，你为什么不能这样做。从tarballs安装不是一个“简单的用户”操作，所以它们不会被盗用，并且应该能够读取错误消息和文档。 – Spacedman

对。我猜测在本地测试时，我知道我有依赖关系，如果它发布到CRAN，CRAN会照顾依赖关系，所以确实没有问题:) – neilfws

执行此操作的机制是在DESCRIPTION文件的depends字段中添加一个条目。

Depends: bar

这将加载bar库，如果已经安装，否则将CRAN安装。

这在Writing R extensions手册的第1.1.1节中描述：http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-exts.html#The-DESCRIPTION-file

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2011-08-02 07:01:01 Andrie

我在描述依赖关系字段，但是当我尝试安装foo的酒吧不是从CRAN安装。 – neilfws

它不能。但是，如果当* your * package foo在CRAN *上并且*用户选择了它，她也会得到一个条。或者，您可以创建一个本地回购，并将bar和foo都放入，然后获得相同的行为。 –

幸运Devtools提供了一种简单的解决方案：install_deps()

install_deps（PKG =，依赖=逻辑，线程= getOption（ “n个CPU ”1）“。”）

参数：
PKG ：包描述，可以是路径或包名。请参阅 'as.package'以获取更多信息

相关性：“逻辑”表示还安装卸载的软件包这个'pkg'依赖于/链接到/建议。请参阅参数 “install.packages”的“依赖关系”。

线程数：用于安装依赖关系的并发线程数。如果未设置，它默认为''Ncpus''或'1'。

实例：

 
install_deps(".") 
install_deps("/path/to/package",dependencies="logical")

来源

2014-07-31 03:40:22 igaurav

thanks;这是一个“pre-devtools”问题，但现在的生活要容易得多 – neilfws

这可以在你想要安装的软件包的目录下工作，但不能用'.tar.gz'文件。实际上，在实际安装'.tar.gz'文件之前，您无法将路径传递给'.tar.gz'文件以'install_deps'来安装依赖关系。 –

@neilfws请将此答案标记为正确。 – emisilva

我结束了只使用一个bash这里文档并指定云镜子找到的依赖关系：

sudo R --vanilla <<EOF 
install.packages('forecast', repos='http://cran.us.r-project.org') 
q() 
EOF

将R包是 “预测”，我使用的云镜是http://cran.us.r-project.org。如果你想使用不同的镜像，在这里他们都是：https://cran.r-project.org/mirrors.html

上面的工作对我来说，R软件包到AWS EMR bootstrap shell脚本。

来源

2015-12-14 21:25:14

脚本使用类似@Jonathan乐，但更好的：

sudo R --vanilla -e 'install.packages("forecast", repos="http://cran.us.r-project.org")'

来源

2017-10-04 09:09:52

如何在使用“R CMD INSTALL”安装R软件包时安装依赖关系？

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