使用Bash脚本通过java代码运行多个文件

Question

我有一些用于分析文件的代码，代码设置为使用以下命令行输入在/ home/john/Dropbox /博士/ MultiFOLDIA /目录：

的Java MultiFOLDIA_IMODE1 complex.1.pdb /家庭/ JOHN/Dropbox的/博士/ MultiFOLDIA /姿势/ T0868_T0869 /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/T0868_T0869_complex.1.pdb_IMODE1.txt> /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/MultiFOLDIA_IMODE1.log

我想在/ home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses /目录中的每个文件上运行该命令，并尝试使用以下脚本：

#!/bin/bash 

poses=(~/home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/*) 

for f in "${poses[@]}"; do 
java MultiFOLDIA_IMODE1 "$f" /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/ T0868_T0869 /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/T0868_T0869_"$f"_IMODE1.txt > /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/MultiFOLDIA_IMODE1.log 
done 

它不工作，我想我不理解如何从数组中提取文件名并以这种方式使用它们。

Answer 1

~/已经是/home/john。因此~/home/john可能不存在。

这应该让你更接近你的目标：

cd /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/ 

for pdb in *.pdb 
do 
    echo "Processing $pdb" 
    java MultiFOLDIA_IMODE1 "$pdb" ./ T0868_T0869 ../T0868_T0869_"$pdb"_IMODE1.txt >> ../MultiFOLDIA_IMODE1.log 
done 

Answer 2

这应该工作。

find /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/ -maxdepth 1 -type f -exec java MultiFOLDIA_IMODE1 '{}' /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/ T0868_T0869 /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/T0868_T0869_'{}'_IMODE1.txt >> /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/MultiFOLDIA_IMODE1.log \; 

另外，当重定向输出使用>>而不是>时。 >截断文件，并在最后你会从上次执行 仅记录例如：

$ echo a > test.txt 
$ echo a > test.txt 
$ cat test.txt 
a 

$ echo a >> test.txt 
$ echo a >> test.txt 
$ cat test.txt 
a 
a